法人股东违法时，需根据违法性质、情节及法律规定承担相应责任，具体处理方式需结合实际情况分情况讨论：
民事责任
若法人股东的违法行为侵害其他主体民事权益（如合同违约、侵权等），需承担民事赔偿责任。例如，法人股东通过关联交易损害公司利益，其他股东可依据《公司法》第21条要求其赔偿损失；若因违法行为导致合同相对方受损，需按《民法典》合同编履行赔偿义务。处理时需收集证据（如交易记录、损害证明），通过协商、诉讼或仲裁主张权利。
行政责任
若法人股东违反行政法规（如未依法纳税、未履行信息披露义务等），行政机关可对其处以罚款、没收违法所得、责令改正等处罚。例如，未按规定缴纳出资的，市场监管部门可责令限期缴纳并罚款；违反环保法规的，环保部门可责令停产整顿并处罚款。法人股东需配合行政调查，及时整改以避免处罚升级。
刑事责任
若法人股东的违法行为构成犯罪（如虚报注册资本、抽逃出资、背信损害上市公司利益等），需承担刑事责任。根据《刑法》相关规定，单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。例如，虚报注册资本罪可对单位处以罚金，对直接责任人处三年以下有期徒刑或拘役。此时需由公安机关立案侦查，法院审理判决，法人股东需配合司法程序，必要时委托律师辩护。
公司内部治理责任
若法人股东作为公司控股股东或实际控制人，滥用权利损害公司或其他股东利益，其他股东可依据《公司法》第20条、第21条主张其承担赔偿责任，或通过股东会决议限制其权利（如限制表决权、分红权）。若法人股东同时担任董事、高管，违反忠实勤勉义务的，还需承担内部追责。
建议：法人股东违法时，需第一时间评估违法性质及后果，主动配合调查并整改，避免责任扩大；若涉及诉讼或仲裁，建议委托专业律师制定应对策略，维护合法权益。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我将结合实际情况提供详细分析。