侵犯权益后，双方确实可以协议赔偿。这是基于民事法律关系中当事人意思自治的原则，即双方有权在平等、自愿的基础上，就侵权损害赔偿事宜进行协商并达成协议。以下是对这一问题的详细分析：
一、协议赔偿的法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，侵权行为造成他人损害的，侵权人应当承担侵权责任。这种责任承担方式包括赔偿损失等。在侵权损害发生后，双方当事人有权就赔偿事宜进行协商，并达成赔偿协议。这种协议只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。
二、协议赔偿的注意事项
自愿性：协议赔偿必须基于双方当事人的自愿，任何一方不得强迫对方接受不合理的赔偿条件。
合法性：赔偿协议的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。例如，赔偿金额不得过高或过低，以免显失公平或构成欺诈。
明确性：赔偿协议应当明确赔偿的范围、金额、支付方式等关键条款，以避免后续产生纠纷。
书面形式：虽然口头协议在法律上也是有效的，但为了更好地维护双方当事人的权益，建议将赔偿协议以书面形式固定下来，并由双方当事人签字或盖章确认。
三、协议赔偿的效力与履行
效力：一旦双方达成赔偿协议，该协议即具有法律约束力，双方当事人应当按照协议约定履行各自的义务。
履行：如果一方当事人不履行赔偿协议，另一方当事人有权向法院提起诉讼，要求对方履行协议或承担违约责任。
四、特殊情况下的协议赔偿
在某些特殊情况下，如侵权行为涉及刑事犯罪或行政处罚时，双方当事人虽然可以就民事赔偿部分进行协商，但刑事责任或行政责任并不能因此免除。此时，赔偿协议仅针对民事赔偿部分有效，不影响刑事或行政责任的追究。
总结与建议：侵犯权益后双方可以协议赔偿，但务必确保协议的自愿性、合法性、明确性，并建议以书面形式固定下来。如果在实际操作中遇到任何疑问或困难，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。