结论前置：公司账户被冻结的情况下，不将工程款打入公司账户是否违法，需根据具体情况判断，可能涉及违法也可能不违法，但均存在一定法律风险。以下从不同角度进行分析：
一、可能违法的情况及法律分析
若合同明确约定工程款支付账户：
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果合同中明确约定了工程款的支付账户，那么发包方或付款方有义务按照合同约定将工程款支付至指定账户。
- 法律后果：若不按照合同约定支付，可能构成违约，需要承担违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。同时，如果这种行为被认定为恶意逃避债务或损害他人利益，还可能面临更严重的法律后果。
若公司账户被冻结是因涉及法律纠纷且该账户为唯一收款账户：
- 法律背景：在公司账户被冻结的情况下，如果该账户是合同约定的唯一收款账户，且冻结是由于公司自身的法律纠纷导致的，那么不将工程款打入该账户可能被视为故意逃避债务或妨碍司法执行。
- 法律后果：这种行为可能构成妨碍民事诉讼的行为，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院可以对妨碍民事诉讼的行为采取罚款、拘留等强制措施。同时，如果因此给对方造成损失的，还需要承担赔偿责任。
二、可能不违法但存在风险的情况及法律分析
若合同未明确约定工程款支付账户：
- 法律背景：在合同未明确约定工程款支付账户的情况下，发包方或付款方有一定的选择权，可以选择将工程款支付至公司其他账户或双方协商确定的其他账户。
- 法律风险：虽然这种行为可能不直接违法，但如果因此导致工程款支付延迟或无法支付，可能引发合同纠纷。同时，如果公司账户被冻结是由于公司自身的违法行为导致的，那么选择不将工程款打入该账户可能被视为对公司违法行为的纵容或协助，从而面临一定的法律风险。
若双方协商变更支付账户并达成一致：
- 法律背景：在合同履行过程中，双方可以通过协商变更合同内容，包括变更工程款的支付账户。如果双方就变更支付账户达成一致并签订了书面协议，那么按照新协议履行是合法的。
- 法律风险：虽然变更支付账户本身可能不违法，但需要确保变更过程合法合规，避免出现欺诈、胁迫等情形。同时，变更后的支付账户应确保能够正常接收工程款，避免因账户问题导致支付延迟或无法支付。
三、建议与风险提示
建议：
- 在公司账户被冻结的情况下，应及时与发包方或付款方沟通，说明情况并协商变更工程款支付账户或采取其他解决方案。
- 如果合同中有明确约定工程款支付账户，且该账户被冻结，应尽快通过法律途径解决账户冻结问题，以确保工程款能够正常支付。
- 在变更工程款支付账户时，应签订书面协议并确保协议内容合法合规，避免出现法律纠纷。
风险提示：
- 不将工程款打入公司账户可能引发合同纠纷和法律风险，建议谨慎处理。
- 在处理此类问题时，应咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到保障。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。