挂靠公司工程款不入账，在多数情况下是违法的，但具体还需根据双方协议及实际情况来判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、挂靠行为的合法性基础

首先，需要明确的是，挂靠行为本身违反了《中华人民共和国建筑法》的相关规定。该法第二十六条明确禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或个人使用其资质证书、营业执照承揽工程。因此，挂靠人与被挂靠企业签订的挂靠协议通常无效。尽管挂靠行为违法，但这并不直接决定工程款支付是否违法，而是影响权利主张的法律依据和方式。

二、工程款不入账的合法性判断

1. 有约定支付条件且条件已成就：

   • 若挂靠人与被挂靠公司在协议中明确约定了工程款支付的条件和时间，当实际施工人（挂靠人）完成相应工程任务并满足付款条件（如工程通过验收）时，挂靠公司无正当理由拒绝将工程款入账或支付给挂靠人，构成违约。根据《民法典》的相关规定，挂靠公司应承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。此时，工程款不入账是违法的。

2. 发包方已支付工程款：

   • 若发包方已按合同约定将工程款支付给被挂靠公司，而挂靠公司截留该款项未入账或未支付给实际施工人，则侵犯了挂靠人的合法财产权益，属于违法行为。挂靠人有权要求挂靠公司入账并支付工程款。

3. 不违法情形：

   • 未达到约定支付条件：若双方约定特定支付条件且实际施工人未满足，挂靠公司拒绝将工程款入账或支付基于有效约定，一般不违法。但挂靠公司应及时向挂靠人说明情况，并明确支付条件和时间。
   • 发包方未支付工程款：若发包方未支付工程款，且双方在协议中有相关约定（如以发包方支付为前提），挂靠公司此时不将工程款入账或支付给挂靠人通常不违法。但挂靠公司应积极与发包方沟通，追讨工程款，并及时向挂靠人通报进展情况。

三、工程款支付的法律依据

《中华人民共和国民法典》第八百零七条规定，发包人未按约定支付价款，承包人可催告其在合理期限内支付。逾期不支付，承包人有权协议折价或请求法院拍卖工程，并优先受偿工程价款。这为挂靠方追讨工程款提供了法律依据。即使挂靠行为违法，但挂靠方作为实际施工人，仍有权依据该条款追讨工程款。

四、挂靠方追讨工程款的途径

1. 协商与调解：首先尝试与挂靠公司协商，寻求和解或达成还款协议。协商不成可考虑第三方调解，如行业协会、调解委员会等。

2. 法律诉讼：若协商、调解均无果，挂靠方可依据挂靠协议、施工合同等证据向法院提起诉讼，要求挂靠公司入账并支付工程款及承担违约责任。在诉讼过程中，挂靠方应提供充分的证据证明其实际施工情况、工程款金额及挂靠公司的违约行为。

五、法律风险与防范建议

挂靠行为不仅违法，还存在合同无效、违约责任、侵权责任等法律风险。对于挂靠方而言，应严格遵守法律法规，避免挂靠行为。若确实需要挂靠，应签订详细的挂靠协议，明确双方的权利义务、工程款支付条件和时间等关键条款。同时，挂靠方应保留好相关证据，如施工合同、工程验收单、付款凭证等，以便在纠纷发生时依法维权。

综上所述，挂靠公司工程款不入账在多数情况下违法，但具体还需根据双方协议及实际情况来判断。挂靠方可通过协商、调解或法律诉讼等途径维护合法权益。同时，应认识挂靠行为的违法性和法律风险，避免此类行为。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。