结论：股东公司收业主钱，被投资公司给业主开票是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及税务合规性、合同约定及实际业务操作等方面。以下从不同角度进行分析：
一、税务合规性角度
发票开具的合法性：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关税收法律法规，发票的开具应当与实际经营业务情况相符。若被投资公司并未实际提供与发票金额相符的商品或服务，而仅因股东公司收款而开具发票，则可能构成虚开发票的行为，这是违法的。
- 若被投资公司确实提供了与发票金额相符的商品或服务，且该业务与股东公司收款行为相关联（例如，股东公司代收款项后转付给被投资公司，且被投资公司实际提供了服务），则被投资公司开具发票可能是合法的，但需确保税务申报和缴纳的合规性。
税务申报与缴纳：
- 被投资公司开具发票后，需按照税法规定进行税务申报和缴纳。若未按规定申报或缴纳税款，则可能面临税务处罚。
二、合同约定角度
合同条款的明确性：
- 若股东公司、被投资公司与业主之间存在明确的合同关系，且合同中约定了由被投资公司开具发票的条款，则该行为在合同层面可能是合法的。但需确保合同条款不违反法律法规的强制性规定。
- 若合同中未明确约定发票开具方，或约定不明确，则需根据实际业务操作和税务合规性来判断发票开具的合法性。
合同履行的实际情况：
- 即使合同中有明确约定，也需关注合同履行的实际情况。若被投资公司未按照合同约定提供商品或服务，而仅开具了发票，则可能构成违约行为，并可能涉及税务问题。
三、实际业务操作角度
资金流向与业务实质：
- 需关注资金的实际流向和业务的实质。若股东公司收款后并未将款项转付给被投资公司，或被投资公司未实际提供与发票金额相符的商品或服务，则发票开具行为可能缺乏合法依据。
- 若资金流向清晰，且业务实质与发票开具相符，则需进一步关注税务合规性和合同约定情况。
相关证据的保存：
- 为确保发票开具的合法性，建议保存与业务相关的所有证据，包括合同、付款凭证、服务提供证明等。这些证据在税务检查或法律纠纷中可能起到关键作用。
四、法律后果与风险
虚开发票的法律后果：
- 若被投资公司构成虚开发票的行为，可能面临税务机关的处罚，包括罚款、没收违法所得等。情节严重的，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
合同违约的法律后果：
- 若被投资公司未按照合同约定提供商品或服务，或开具发票行为违反合同约定，则可能构成违约行为，需承担违约责任，包括赔偿损失等。
建议：为确保发票开具的合法性，建议股东公司、被投资公司与业主之间明确合同条款，确保业务操作与合同约定相符，并关注税务合规性问题。若存在疑问或不确定情况，建议及时咨询专业税务律师或税务机关以获取准确指导。有问题可以直接向我咨询，我会结合具体情况为你提供更详细的法律建议。