劳动合同中约定加班费按基本工资结算，在大多数情况下是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律规定角度
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，加班费的计算基数应当是劳动者正常工作时间工资，且不得低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位相对应的工资标准。若劳动合同或集体合同未明确约定，则应按照劳动者本人正常劳动应得的工资确定，这明确指出，加班费计算基数不仅包含基本工资，还可能包括绩效工资、奖金、津贴等货币性收入。因此，仅将基本工资作为加班费的计算基数，通常是不符合法律规定的。
二、实际操作角度
剥夺劳动者合理报酬权利：将加班费包含在基本工资中，可能导致劳动者在正常工作时间外付出额外劳动时，无法获得应有的加班报酬，从而剥夺了他们获得合理报酬的权利。
违反法律强制性规定：我国法律对加班费的计算和支付有明确规定，旨在保护劳动者的合法权益。将加班费仅按基本工资计算的做法，违反了法律的强制性规定。
引发劳动争议：由于这种约定方式存在模糊性和不确定性，容易引发劳动争议和纠纷，影响劳动关系的和谐稳定。
三、特殊情况说明
尽管在大多数情况下，仅按基本工资计算加班费是不合法的，但也存在一些特殊情况。例如，如果劳动合同中明确约定加班费计算基数为基本工资，且该约定不低于当地最低工资标准，同时用人单位能证明在劳动合同约定工资包含加班费的情况下，实际支付给劳动者的工资总额中已按法定加班工资计算标准足额支付了加班费用，劳动者的实际收入未因这种约定而减少，那么这种约定可以认定为合法有效。但这种情况在实际操作中较为罕见，因为大多数劳动者的工资构成都包含除基本工资外的其他收入部分。
四、合法约定的建议
为避免法律风险和维护劳动者的合法权益，用人单位在与劳动者签订劳动合同时，应明确区分基本工资和加班费，并分别进行约定。具体建议如下：
明确基本工资：在劳动合同中明确约定劳动者的基本工资数额或计算方法。
单独约定加班费：在劳动合同中单独约定加班费的计算方式和标准，如按照《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，明确工作日、双休日、法定节假日的加班费计算倍数，确保劳动者在正常工作时间外付出额外劳动时能够获得相应的报酬。计算公式如下：
遵守法律法规：用人单位应严格遵守国家关于工作时间和休息休假的法律法规，合理安排劳动者的工作时间和休息时间，避免过度加班和侵犯劳动者的合法权益。
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