从公司购买仪器后系统不让使用，是否违法需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同角度
合同约定明确：
- 如果在购买仪器的合同中，明确约定了公司应提供系统使用权，或者系统使用是仪器正常使用的必要条件，那么公司不让使用系统就可能构成违约。根据《民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 建议：你可以先查看购买合同，确认是否有关于系统使用的相关条款。如果有，且公司违反了这些条款，你可以与公司协商，要求其履行合同义务，或者通过法律途径追究其违约责任。
合同约定不明确：
- 如果合同中没有明确约定系统使用权，或者系统使用不是仪器正常使用的必要条件，那么公司不让使用系统可能不构成违约。此时，你需要考虑其他法律角度来维护自己的权益。
- 建议：在这种情况下，你可以尝试与公司沟通，了解公司不让使用系统的具体原因，并寻求双方都能接受的解决方案。
二、消费者权益保护角度
- 如果你是作为消费者从公司购买仪器，且系统使用是仪器功能的重要组成部分，那么公司不让使用系统可能侵犯了你的知情权、选择权和公平交易权等消费者权益。根据《消费者权益保护法》的相关规定，消费者享有知悉其购买、使用的商品或者接受的服务的真实情况的权利，有权自主选择商品或者服务，并享有公平交易的权利。
- 建议：你可以向消费者协会或者相关监管部门投诉，要求公司履行其应尽的义务，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
三、其他可能的角度
- 知识产权角度：如果系统涉及公司的知识产权，且公司有权限制其使用，那么公司不让使用系统可能是合法的。但这种情况通常会在合同中明确约定，且公司需要提供合理的解释和依据。
- 技术或安全角度：如果系统因技术故障、安全升级等原因暂时无法使用，且公司能够提供合理的解释和预计恢复使用的时间，那么公司不让使用系统可能是暂时的、合理的。
四、法律后果与应对措施
- 法律后果：如果公司不让使用系统的行为构成违约或侵权，你可能有权要求公司承担违约责任或赔偿责任，包括但不限于继续履行合同、赔偿损失等。
- 应对措施：建议你先与公司进行友好沟通，了解具体原因并寻求解决方案。如果沟通无果，你可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如向法院提起诉讼或向相关监管部门投诉。
总结来说，从公司购买仪器后系统不让使用是否违法，取决于合同约定、消费者权益保护以及其他可能的角度。如果你认为自己的权益受到了侵害，建议你先查看合同、了解相关法律法规，并与公司进行沟通。如果问题无法解决，你可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。