核心结论：在员工存在重大违纪调查过程中暂缓发放薪资的处理，需依据调查结果、劳动合同约定、公司规章制度及法律法规综合判断，具体处理方式如下：

1. 调查期间暂缓发放薪资的合法性基础
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若公司规章制度或劳动合同中明确约定“员工涉嫌重大违纪时，公司可暂缓发放部分或全部薪资直至调查结论作出”，则该暂缓行为具有合法性前提；若未明确约定，则公司单方暂缓发放可能构成未及时足额支付劳动报酬，员工可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿。

2. 调查结果对薪资处理的影响

   • 若调查确认员工存在重大违纪：公司可依据规章制度或劳动合同约定，对员工进行纪律处分（如警告、降薪、解除劳动合同等），并可要求员工赔偿因违纪给公司造成的直接经济损失（如财产损失、商业机会损失等）。此时，暂缓发放的薪资可依据调查结论进行扣减或补发：若扣减金额符合前述“20%”及“最低工资标准”限制，则合法；若超出限制，则需补发超额部分。
     
   • 若调查未确认员工存在重大违纪：公司需立即补发暂缓发放的全部薪资，并可能需支付因迟延支付产生的利息或赔偿金（具体依据地方性法规或司法实践判断）。若公司无正当理由单方暂缓发放薪资，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付薪资及经济补偿。

3. 程序合规性要求
   公司需确保调查程序合法合规，包括但不限于：

   • 调查前向员工送达书面通知，明确调查事由、范围及员工权利（如申辩权、举证权）；
     
   • 调查过程中保持客观中立，避免诱导性询问或证据收集；
     
   • 调查结束后向员工送达书面结论，并告知其申诉渠道及期限；
     
   • 若涉及解除劳动合同，需提前将理由通知工会（如有）并听取工会意见。
     若程序存在瑕疵（如未通知员工、未听取申辩等），可能导致调查结论无效，进而影响薪资处理的合法性。

4. 风险防范建议

   • 完善制度设计：在劳动合同或规章制度中明确“重大违纪”的定义、调查程序及薪资处理规则，确保内容合法合理且经民主程序制定并公示；
     
   • 证据固定：调查过程中需留存书面证据（如员工签字确认的违纪事实、损失计算依据等），避免口头陈述或单方主张；
     
   • 协商沟通：在暂缓发放薪资前，可与员工进行协商，说明暂缓原因及调查进展，争取员工理解；若员工对暂缓行为有异议，可建议其通过内部申诉或劳动仲裁解决；
     
   • 及时补发：若调查周期较长，可考虑分期补发部分薪资（如每月补发80%），以降低法律风险。

总结：员工重大违纪调查期间暂缓发放薪资的处理需兼顾合法性与合理性，公司需依据调查结果、制度约定及程序要求综合判断，避免因操作不当引发劳动争议。如有具体案例或细节需进一步分析，可直接向我咨询。