工程项目部对农民工罚款是否违法需分情况讨论，具体如下：

1. 若工程项目部无合法授权或罚款依据，则违法
   根据《行政处罚法》第十七条，只有行政机关或法律、法规授权的组织才能实施行政处罚。工程项目部作为施工单位内设机构，通常不具备行政处罚权。若其以自身名义对农民工罚款，且无法律、法规或合同明确授权（如劳动合同、集体合同中约定特定违规行为的违约金条款），则属于超越职权范围，罚款行为违法。农民工有权拒绝缴纳，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 若罚款依据为合法有效的规章制度，且程序合规，则可能合法
   若工程项目部依据《劳动合同法》第四条制定的内部规章制度（如考勤制度、安全操作规范），经民主程序（如职工代表大会讨论）公示，且罚款金额未超过当地规定的比例（如《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者原因造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%），则罚款可能被认定为合法。但需注意：

   • 规章制度内容需合理，不得与法律法规冲突（如禁止罚款用于惩罚迟到等非重大过错）；
     
   • 罚款需以“赔偿经济损失”为前提，而非单纯惩罚；
     
   • 罚款后工资不得低于当地最低工资标准。

3. 若罚款涉及人身自由或人格尊严，则绝对违法
   根据《劳动法》第九十六条，用人单位不得以暴力、威胁或非法限制人身自由的手段强迫劳动，也不得侮辱、体罚、殴打、非法搜查和拘禁劳动者。若工程项目部以罚款为由限制农民工人身自由（如扣押身份证、强制滞留工地）或进行人格侮辱（如公开罚款名单并辱骂），则构成违法行为，农民工可立即报警并追究其法律责任。

建议：若农民工遭遇不合理罚款，可采取以下步骤：

1. 要求项目部出示罚款依据（如规章制度、合同条款）；
   
2. 核对依据是否合法（如是否经民主程序、是否公示、罚款比例是否合规）；
   
3. 若依据不合法或程序违规，向当地劳动监察大队投诉（电话12333）或申请劳动仲裁；
   
4. 保留罚款通知、工资条、考勤记录等证据，必要时通过法律途径维权。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律应对方案。