结论：父亲生前协议公租房兄弟两人一人一半，有证人的情况下，该协议在符合一定条件下是具有法律效力的，但具体效力还需根据协议内容、形式及法律规定综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、协议的法律性质与效力基础
协议性质：
- 父亲生前关于公租房的分配协议，若属于其真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该协议在性质上可视为一种民事法律行为，具体可能涉及赠与或遗嘱分配（若协议具有遗嘱性质）的范畴。
效力基础：
- 证人作用：证人证言可以作为证明协议存在及内容的一种证据形式。在民事诉讼中，证人证言是法定证据种类之一，对于证明案件事实具有重要作用。然而，证人证言的证明力需结合其他证据综合判断，单独依靠证人证言可能不足以直接认定协议的法律效力。
- 协议形式与内容：根据《民法典》的相关规定，民事法律行为的有效成立需满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定、不违背公序良俗等条件。对于涉及不动产的处分，如公租房的分配，若协议以书面形式作出，并明确各方权利义务，则更有利于证明其法律效力。
二、协议效力的具体分析
若协议为赠与性质：
- 赠与合同成立：若父亲在生前明确表示将公租房的一部分或全部赠与给兄弟两人，且该赠与行为不违反法律规定，则赠与合同成立。
- 赠与合同的效力：赠与合同自成立时起生效，但赠与财产的权利转移需依法办理相关手续（如过户登记等）。对于公租房，其使用权或承租权的转移可能需遵循特定的行政规定或程序。
- 证人作用：证人可以证明赠与合同的存在及内容，但赠与合同的法律效力还需结合其他证据（如书面协议、过户手续等）综合判断。
若协议具有遗嘱性质：
- 遗嘱的成立：若父亲在生前以遗嘱形式对公租房进行分配，且该遗嘱符合《民法典》关于遗嘱形式要件的规定（如自书遗嘱需由遗嘱人亲笔书写、签名并注明年、月、日；代书遗嘱需有两个以上见证人在场见证等），则遗嘱成立。
- 遗嘱的效力：遗嘱自遗嘱人死亡时生效。若遗嘱内容合法有效，则兄弟两人可依据遗嘱继承公租房的相关权益。
- 证人作用：在遗嘱继承中，证人证言可以证明遗嘱的订立过程及遗嘱人的真实意思表示，对于遗嘱的效力认定具有重要作用。但同样，遗嘱的效力还需结合遗嘱的形式要件及内容综合判断。
三、法律建议
完善协议形式：为确保协议的法律效力，建议兄弟两人与父亲共同签订书面协议，明确各方权利义务及公租房的分配方式。若协议具有遗嘱性质，则需遵循《民法典》关于遗嘱形式要件的规定。
办理相关手续：对于公租房的分配，可能需遵循特定的行政规定或程序（如过户登记、变更承租人等）。建议兄弟两人及时咨询相关部门或机构，了解并办理相关手续。
保留证据：除证人证言外，建议兄弟两人保留与协议相关的其他证据（如书面协议、转账记录、沟通记录等），以备不时之需。
寻求法律帮助：若兄弟两人对协议的法律效力或后续操作存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便获得更具体、更专业的法律建议。
总结：父亲生前协议公租房兄弟两人一人一半，在有证人的情况下，该协议在符合一定条件下是具有法律效力的。但为确保协议的法律效力及后续操作的顺利进行，建议兄弟两人完善协议形式、办理相关手续、保留证据并寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。