结论：邻居耕种您已种上麦子的土地，是否违法需视具体情况而定，主要取决于土地的使用权归属及邻居的行为性质。以下从不同角度进行分析：
一、土地使用权归属明确且归您所有
- 若土地使用权明确归您所有：
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》及相关土地管理法规，土地使用权人对其土地享有占有、使用、收益和处分的权利。未经土地使用权人同意，他人不得擅自占用或使用其土地。
- 邻居行为性质：邻居耕种您已种上麦子的土地，属于未经许可擅自占用他人土地的行为，侵犯了您的土地使用权。
- 法律后果：您有权要求邻居停止侵害、恢复原状，并可能要求赔偿因耕种行为给您造成的损失，如麦子被毁损的价值、重新耕种的费用等。若邻居拒不停止侵害，您还可以向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
二、土地使用权存在争议或不明确
若土地使用权存在争议：
- 法律背景：在土地使用权存在争议的情况下，双方应首先通过协商、调解或行政裁决等方式解决争议，明确土地使用权归属。
- 邻居行为性质：在争议解决前，邻居擅自耕种土地可能构成对争议土地的非法占用，但具体是否违法需根据争议解决的结果来判断。
- 法律建议：您应尽快与邻居协商解决争议，或向当地土地管理部门申请调解、裁决。在争议解决前，建议保持土地现状，避免进一步加剧矛盾。
若土地使用权不明确：
- 法律背景：土地使用权不明确可能因历史原因、登记错误或未进行登记等原因导致。在这种情况下，土地的使用权归属需要依法进行确认。
- 邻居行为性质：邻居在土地使用权不明确的情况下耕种土地，其行为性质可能因具体情况而异。若邻居认为其有权使用该土地，并基于善意进行耕种，则可能不构成违法；但若邻居明知土地使用权存在争议或不明确，仍擅自耕种，则可能构成对土地的非法占用。
- 法律建议：您应尽快向当地土地管理部门申请确认土地使用权归属，或通过法律途径解决争议。在争议解决前，建议避免对土地进行大规模的改动或投入，以免造成不必要的损失。
三、特殊情况：邻居误耕或基于其他合理理由耕种
若邻居误耕：
- 法律背景：误耕通常指因疏忽或误解而耕种了不属于自己的土地。在这种情况下，邻居的行为可能不构成故意侵权。
- 法律后果：您仍有权要求邻居停止侵害、恢复原状，但可能难以要求赔偿因误耕行为给您造成的全部损失。不过，若邻居的误耕行为给您造成了实际损失，您仍可以要求邻居进行适当补偿。
若邻居基于其他合理理由耕种：
- 法律背景：在某些特殊情况下，邻居可能基于紧急避险、相邻关系等合理理由耕种您的土地。例如，为防止土地荒芜、保持土地肥力等。
- 法律后果：在这种情况下，邻居的行为可能不构成违法，但您仍有权要求邻居在合理期限内恢复土地原状或进行适当补偿。若邻居的行为超出了合理范围或给您造成了较大损失，您仍可以依法维护自己的权益。
进一步思考：在处理此类纠纷时，建议您首先与邻居进行友好协商，尝试通过沟通解决问题。若协商无果，您可以向当地土地管理部门、村委会或居委会等组织寻求帮助，进行调解或裁决。若仍无法解决问题，您可以考虑向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。在处理过程中，务必保留好相关证据，如土地使用权证书、耕种现场照片、证人证言等，以便在需要时提供证明。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。