结论：邻居在您的耕地上种树是否违法，需根据土地类型、种植目的及是否影响您权益等多方面因素综合判断。若未经批准在您的永久基本农田或一般耕地上擅自种树，且影响了您的权益，则通常属于违法行为；若经过政府批准或在特定情况下因地制宜种树，且未影响您权益，则可能合法。
详细分析：
土地类型与用途：
- 永久基本农田：根据《基本农田保护条例》，基本农田保护区内禁止进行破坏基本农田的活动，包括发展林果业。若邻居的耕地属于基本农田，且未经批准擅自种树，则该行为被明确禁止，您有权要求其停止侵害，并向当地政府土地行政主管部门投诉举报。
- 一般耕地：虽然目前对于在一般耕地上种树的具体处罚性规定可能尚不完善，但国家严格控制耕地转为其他农用地。若邻居未经批准在您的一般耕地上大规模种树，导致土地变更调查中耕地被转为林地，从而违反耕地保护原则，您同样有权要求其停止侵害。
相邻关系与权益影响：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应遵循有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则处理相邻关系。若邻居在耕地上种树影响您耕地的通风、采光、日照及排水，导致农作物生长受损，则构成对相邻权的侵犯。您有权要求对方停止侵害、排除妨碍、赔偿损失，协商不成可通过诉讼解决。
合法种树的情况：
- 若邻居因农业产业结构调整、生态环境保护等特殊需要，在耕地上种树前已获得政府相关部门的批准，并办理了合法手续，则该行为合法。但种植过程中不得破坏耕地的耕作层，也不得影响粮食生产及您的相邻权益。
建议与指导：
- 友好协商：首先尝试与邻居进行友好协商，说明种树行为对您权益的影响，要求其停止种树或采取相应措施减少影响。
- 收集证据：在协商过程中，注意保留相关证据，如拍照、录像等，以便在后续处理中提供证明。
- 寻求调解：若协商不成，可请求村委会、乡镇政府等进行调解，以寻求双方都能接受的解决方案。
- 法律救济：若调解仍无法解决问题，且邻居的行为确实侵犯了您的权益，您可通过法律途径向人民法院提起诉讼，维护自身合法权益。
综上所述，邻居在您的耕地上种树是否违法需综合考虑多种因素。在实际操作中，建议您根据具体情况采取相应措施，并直接向我咨询以获取更准确的法律意见和指导。