在甲乙双方长期转让合同中，若甲方违约，违约金的计算需依据合同约定及法律规定综合确定，具体如下：

1. 合同有明确约定违约金计算方式
   若合同中已明确约定了违约金的计算标准（如按转让价款的百分比、固定金额或日违约金等），则原则上应按合同约定执行。但需注意，根据《民法典》第五百八十五条，若约定的违约金过分高于实际损失（通常指超过损失的30%），违约方有权请求法院或仲裁机构予以适当减少；反之，若违约金低于实际损失，守约方可请求增加。
   示例：合同约定“甲方逾期付款的，每日按未付金额的0.1%支付违约金”，若实际损失为未付金额的银行贷款利息损失，且0.1%/日的标准未显著高于利息损失的30%，则该约定有效。

2. 合同未约定或约定不明
   若合同未约定违约金或约定不明确，守约方需证明实际损失，并可主张违约方赔偿因违约造成的直接损失和合理可得利益损失（《民法典》第五百八十四条）。此时，违约金的计算需以实际损失为基础，结合合同履行情况、当事人过错程度等因素综合确定。
   示例：甲方未按约定交付转让标的，导致乙方无法按计划开展业务，乙方可主张因停工产生的直接费用（如员工工资、场地租金）及预期利润损失。

3. 长期转让合同的特殊性
   长期合同中，违约金的计算还需考虑合同履行期限、市场变化等因素。若违约行为持续发生（如长期拖欠转让款），违约金可能按累计方式计算；若违约导致合同目的无法实现（如转让标的灭失），守约方可主张解除合同并要求全额赔偿损失。
   示例：合同履行期为10年，甲方在前5年持续违约，违约金可按每年未履行部分的约定标准累计计算；若第6年因甲方原因导致转让标的毁损，乙方可解除合同并要求赔偿剩余5年的预期收益。

建议：

• 优先审查合同条款，明确违约金计算方式及调整规则；
  
• 收集并固定实际损失证据（如财务记录、第三方评估报告）；
  
• 若违约金约定显失公平，及时通过协商或诉讼主张调整；
  
• 长期合同中，可约定分期支付违约金或违约金上限，以降低风险。
  

如有具体合同条款或损失情况，可进一步提供细节，以便精准分析。