核心结论：工程款未达履约进度却提前收到发票，企业需根据实际情况采取不同措施，主要分为合规处理与风险防范两大方向，具体如下：
一、合规处理：按税法及合同约定履行义务
发票入账与税款抵扣
根据《增值税暂行条例》第十九条，增值税纳税义务发生时间为收讫销售款项或取得索取销售款项凭据的当天。若提前收到发票但未达付款条件，企业仍可按发票金额入账，并在符合抵扣条件时（如取得合法抵扣凭证、业务真实）申报抵扣进项税。但需注意：
- 若合同明确约定付款与发票开具时间，提前收票可能涉及资金流与票据流不一致，需留存合同、验收单等证据证明业务真实性，避免被税务机关认定为“虚开发票”或“提前抵扣”。
- 若企业未实际支付款项，需在财务上按“应付账款”处理，避免将发票金额直接计入成本导致利润虚增。
合同条款审查与协商
- 检查合同约定：若合同明确规定“发票开具以实际履约进度为准”或“付款后开具发票”，则对方提前开票可能构成违约。企业可依据《民法典》第五百七十七条要求对方承担违约责任（如赔偿损失、重新开具合规发票）。
- 协商补充协议：若双方同意提前开票，建议签订补充协议，明确发票金额与实际付款时间的对应关系，例如约定“发票开具后X日内支付款项”或“发票金额分阶段抵扣”，以规避税务风险。
二、风险防范：避免潜在法律与税务纠纷
税务合规风险
- 三流一致原则：税务机关核查时，要求资金流、发票流、货物流（或服务流）一致。若企业未付款但已抵扣发票，可能被认定为“票货分离”或“虚增进项”，面临补缴税款、滞纳金及罚款（《税收征收管理法》第六十三条）。
- 应对措施：保留合同、物流单、验收单等证据，证明业务真实性；若被税务机关质疑，可申请听证或行政复议，必要时通过诉讼维护权益。
合同履行风险
- 对方主张付款：若对方以“已开票”为由要求付款，企业可依据合同抗辩，主张付款条件未成就（《民法典》第五百二十六条）。但若合同未明确约定开票与付款的先后顺序，可能被认定为同时履行抗辩权失效，需结合交易习惯判断。
- 发票作废或红冲：若因履约进度未达导致合同解除或变更，需与对方协商作废或红冲发票。若对方拒绝，可向税务机关举报其违规开票行为，并要求其承担因此造成的损失（如多缴税款、审计成本）。
三、操作建议：分步骤化解风险
短期措施：
- 暂不支付款项，但书面回复对方确认收到发票，并注明“因履约进度未达合同约定，付款条件尚未成就，待条件成就后按约支付”。
- 在财务系统中将发票金额挂账为“应付账款”，避免提前计入成本。
长期措施：
- 修订合同模板，明确约定“发票开具时间以实际履约进度为准，且开票后X日内支付款项”，减少争议。
- 定期与税务顾问沟通，确保发票管理符合最新税法要求（如增值税发票综合服务平台的使用、电子发票的合规性）。
总结：提前收到发票本身不违法，但需结合合同约定与税法规定处理。企业应优先通过协商补充协议明确权利义务，同时留存业务真实性的证据，以防范税务与合同风险。若遇复杂情况（如对方拒不配合、税务机关核查），可直接向我咨询具体应对方案。