结论：行政机关十多年后对已经回收的凭证提出异议并拒绝履职，其合法性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：
一、行政行为的时效性
行政行为的一般时效：行政行为，包括行政许可、行政确认等，通常应当在其作出时即具有确定力、拘束力和执行力。除非法律另有规定，否则行政机关不得随意撤销、变更或废止已生效的行政行为。对于已经回收的凭证，如果行政机关在回收时并未提出异议，且该回收行为已经生效多年，那么行政机关在十多年后突然提出异议，可能面临时效性的挑战。
特殊时效规定：某些特定类型的行政行为，如行政处罚，可能有明确的时效限制，如《行政处罚法》中规定的追诉时效。然而，对于行政机关对已回收凭证的异议，通常并不直接适用这些特殊时效规定。但即便如此，行政机关的行为仍需遵循行政行为的一般时效原则，即不得无正当理由长期拖延行使职权。
二、行政机关的举证责任
举证责任的原则：在行政诉讼中，行政机关对其作出的行政行为的合法性负有举证责任。如果行政机关十多年后对已回收的凭证提出异议并拒绝履职，它必须提供充分的证据来证明其异议的合理性以及拒绝履职的合法性。
证据的充分性与时效性：行政机关提供的证据不仅需要充分，还需要具有时效性。如果行政机关无法提供当年回收凭证时的相关记录、决定或理由，或者这些证据已经因时间久远而灭失或无法查证，那么其异议和拒绝履职的合法性可能会受到质疑。
三、相对人的信赖利益保护
信赖利益的原则：行政相对人基于对行政机关的信任而进行的合理行为，应当受到法律的保护。如果行政机关在回收凭证时并未提出异议，且相对人已经基于该回收行为进行了相应的处置或安排（如销毁凭证、基于回收行为进行其他交易等），那么行政机关在十多年后突然提出异议并拒绝履职，可能会损害相对人的信赖利益。
信赖利益的赔偿：如果行政机关的行为确实损害了相对人的信赖利益，且该损害与行政机关的异议和拒绝履职行为之间存在因果关系，那么相对人有权要求行政机关进行赔偿。
四、具体情境下的合法性判断
如果行政机关能提供充分证据：如果行政机关能够提供充分的证据证明其当年回收凭证时存在错误或遗漏，且该错误或遗漏在十多年后才被发现，同时其异议和拒绝履职的行为符合相关法律法规的规定，那么其行为可能是合法的。
如果行政机关无法提供充分证据：如果行政机关无法提供充分的证据来支持其异议和拒绝履职的行为，或者其行为违反了相关法律法规的规定，那么其行为可能是不合法的。在这种情况下，相对人有权通过行政复议或行政诉讼等途径来维护自己的合法权益。
建议：如果您面临这样的情况，建议您首先收集并整理好所有与该凭证回收相关的证据材料，包括回收时的通知、决定、凭证本身（如果尚存）以及您基于该回收行为所进行的处置或安排的相关证据。然后，您可以考虑咨询专业的行政法律师，以评估行政机关行为的合法性，并探讨可能的法律救济途径。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。