结论：施工合同中最初是总公司签约，后续资料改为分公司，在程序上是否合适，需根据具体情况判断，主要涉及合同主体变更的合法性、分公司资质及授权情况。以下从不同角度进行分析：
一、合同主体变更的合法性
合同主体变更的一般原则：
- 合同一旦成立，即具有法律约束力，合同主体一般不得随意变更。若需变更，应经合同双方协商一致，并签订书面变更协议。
总公司与分公司关系：
- 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，从法律上讲，分公司可以视为总公司的一部分，但合同主体仍应为总公司，除非合同中有特别约定或经对方同意变更。
程序合适性分析：
- 若施工合同中最初是总公司签约，后续未经对方同意，擅自将资料改为分公司，可能构成违约行为，因为这改变了合同主体，未经对方同意，可能影响合同的履行和对方的权益。
- 若双方协商一致，并签订书面变更协议，明确分公司作为合同的实际履行方，且分公司具备相应的资质和授权，则这种变更在程序上是合适的。
二、分公司资质及授权情况
分公司资质：
- 分公司若需独立承担民事责任或进行特定业务活动，需具备相应的资质。在施工合同中，分公司若需作为实际施工方，应具备相应的施工资质。
分公司授权：
- 即使分公司具备资质，若未经总公司明确授权，其签订合同或进行其他法律行为的效力可能受到质疑。因此，分公司参与施工合同，应获得总公司的明确授权。
程序合适性分析：
- 若分公司具备相应资质，并获得总公司的明确授权，且双方协商一致签订书面变更协议，则将施工合同中的资料改为分公司，在程序上是合适的。
- 若分公司不具备资质或未获得授权，或双方未协商一致签订书面变更协议，则这种变更在程序上是不合适的，可能引发法律纠纷。
三、法律后果及建议
法律后果：
- 若未经对方同意擅自变更合同主体，可能构成违约行为，需承担违约责任，如赔偿损失、支付违约金等。
- 若分公司不具备资质或未获得授权而签订合同，可能导致合同无效或部分无效，影响合同的履行和双方的权益。
建议：
- 在施工合同中，若需将总公司变更为分公司作为合同主体，应经双方协商一致，并签订书面变更协议。
- 确保分公司具备相应的资质和获得总公司的明确授权，以避免法律纠纷。
- 在变更过程中，注意保留相关证据，如协商记录、变更协议、授权文件等，以备不时之需。
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