不合格电动自行车经整改检验合格后，是否可以不予没收，需根据具体情况及地方性法规来判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规的普遍原则
在交通运输领域，对于不合格车辆的处罚，通常依据的是《中华人民共和国道路交通安全法》及其相关实施条例。这些法规主要关注的是车辆是否符合国家安全技术标准，以及是否对公共安全构成威胁。若电动自行车因不符合安全技术标准而被认定为不合格，且这种不合格状态对公共安全有显著影响，那么根据相关法律法规，车辆可能会被没收。
二、整改与检验合格的影响
整改合格后的法律效果：如果电动自行车因某些可整改的问题（如超速、超重等）被认定为不合格，但经过整改后，车辆已经符合国家安全技术标准，并通过了相关检验，那么从技术层面讲，车辆已经不再属于“不合格”范畴。
地方性法规的考量：然而，是否不予没收还取决于地方性法规的具体规定。有些地方可能对于整改合格后的车辆有明确的处理规定，如不予没收或仅处以罚款等；而有些地方则可能没有明确规定，此时就需要依据上位法（如《道路交通安全法》）的原则性规定，结合具体情况进行判断。
三、实际操作中的考量因素
整改的彻底性：执法机关在判断是否不予没收时，会考虑整改的彻底性。如果整改只是表面上的，或者整改后车辆仍然存在安全隐患，那么执法机关可能会倾向于没收车辆。
公共安全的影响：执法机关还会考虑车辆对公共安全的影响。如果车辆虽然整改合格，但因其设计、制造等方面的固有缺陷，仍然可能对公共安全构成威胁，那么执法机关也可能会选择没收车辆。
执法机关的自由裁量权：在法律法规没有明确规定的情况下，执法机关享有一定的自由裁量权。他们会根据具体情况，如车主的违法情节、整改态度、车辆的实际状况等，来决定是否不予没收。
四、建议与措施
了解地方性法规：车主在面临此类问题时，应首先了解当地关于不合格电动自行车处理的具体规定，以便更好地维护自己的合法权益。
积极配合整改：如果车辆被认定为不合格，车主应积极配合执法机关的整改要求，确保车辆整改合格并通过检验。
寻求法律帮助：如果车主对执法机关的处理决定有异议，可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，不合格电动自行车经整改检验合格后是否可以不予没收，并没有一个绝对的答案。它取决于多种因素的综合考量，包括法律法规的规定、地方性法规的具体要求、整改的彻底性、公共安全的影响以及执法机关的自由裁量权等。因此，在面对此类问题时，车主应积极了解相关法律法规和地方性规定，配合执法机关的整改要求，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。