针对您提出的“电动自行车不上牌上路但有合格证会怎样处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，电动自行车上路必须依法进行登记并悬挂号牌，这是保障道路交通安全、维护交通秩序的重要措施。即使您的电动自行车拥有合格证，但如果没有进行登记上牌就上路，仍然属于违法行为。

对于这种违法行为，不同地区的具体处罚措施可能略有差异，但一般来说，都会包括警告和罚款两种形式。以北京市为例，根据相关规定，驾驶未登记的非机动车上道路行驶的，对驾驶人处警告或者20元以上50元以下罚款，并责令补办相关登记手续。这意味着，如果您驾驶未上牌的电动自行车上路，一旦被交警查获，将会面临警告或罚款的处罚，并且需要尽快补办上牌手续。

同时，我也注意到，有些地区如广州，对于电动自行车的管理更为严格。广州交警部门不仅会对未登记上牌的电动自行车进行处罚，还会对上牌后再进行改装、加装等行为进行严厉打击。这进一步强调了电动自行车上路必须遵守相关规定的重要性。

因此，我建议您尽快为您的电动自行车办理登记上牌手续，以确保合法上路。在办理上牌手续时，您需要准备好车辆合格证、购车发票等相关材料，并按照当地交警部门的要求进行操作。

总之，电动自行车不上牌上路是违法行为，即使拥有合格证也不例外。为了避免不必要的麻烦和损失，我建议您尽快办理上牌手续，并严格遵守交通法规，共同维护道路交通安全和秩序。