员工在公司流产的赔偿问题需根据具体情况判断，主要涉及医疗期工资、生育津贴、工伤赔偿（如符合条件）及单位额外补偿等。以下分情况详细说明：

1. 医疗期工资及生育津贴
   根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工流产可享受产假（怀孕未满4个月流产的产假15天，满4个月流产的产假42天），产假期间单位需按原工资标准支付工资，或由生育保险基金发放生育津贴（若单位已缴纳生育保险）。若单位未缴纳生育保险，则需自行承担全部生育津贴及医疗费用。

2. 工伤赔偿（如符合条件）
   若流产与工作直接相关（如因工作原因导致外伤、职业病等），可申请工伤认定。经认定为工伤的，可享受工伤保险待遇，包括医疗费、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等。需注意：单纯因怀孕或流产本身通常不构成工伤，需有明确因果关系。

3. 单位额外补偿
   若单位规章制度或劳动合同中约定了流产相关补偿（如额外假期、营养费等），单位需按约定履行。若单位未履行法定义务（如克扣工资、拒绝报销医疗费），员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

建议行动：

• 保留医疗证明、工资记录等证据；
  
• 与单位协商赔偿事宜；
  
• 若协商无果，可向当地劳动仲裁委员会申请仲裁。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或证据收集要点。