即使拉车门盗窃三千元已经退款并取得谅解书，仍可能被起诉的原因主要有以下几点：
刑事案件的立案与追诉标准：
- 刑事案件的立案和追诉并不完全取决于是否退款或取得谅解书。根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，均构成盗窃罪。在此情况下，三千元可能已达到当地盗窃罪的立案标准，因此公安机关会依法立案侦查，并移送检察机关审查起诉。
谅解书的法律效果：
- 谅解书是犯罪嫌疑人或被告人与被害人之间达成的一种和解协议，它表明被害人对犯罪嫌疑人或被告人的行为表示谅解，并愿意在一定程度上减轻或免除其刑事责任。然而，谅解书并不具有法律上的免责效力，它只能作为量刑时的一个考虑因素，而不能决定是否起诉。检察机关在审查起诉时，会综合考虑案件的性质、情节、社会危害程度以及犯罪嫌疑人的认罪态度、悔罪表现等因素，来决定是否提起公诉。
检察机关的独立审查权：
- 检察机关在刑事诉讼中扮演着重要的角色，它负责审查公安机关移送的案件，并决定是否提起公诉。即使犯罪嫌疑人已经退款并取得谅解书，检察机关仍然有权根据案件的具体情况，独立决定是否起诉。如果检察机关认为案件的社会危害性较大，或者犯罪嫌疑人的行为性质恶劣，即使取得了谅解书，也可能决定提起公诉。
可能存在的其他犯罪情节：
- 除了盗窃数额外，案件中还可能存在其他犯罪情节，如多次盗窃、在特定场所盗窃（如学校、医院等）、盗窃特定物品（如身份证、银行卡等）等。这些情节都可能影响检察机关对案件的判断，并可能导致即使退款并取得谅解书，仍然被起诉的情况。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 积极配合司法机关：如果已经被起诉，应积极配合司法机关的工作，如实陈述事实，提供相关证据，并表达自己的悔罪态度。
- 寻求法律援助：如果对法律程序或案件处理有疑问，可以寻求专业律师的法律援助，以便更好地维护自己的合法权益。
- 关注案件进展：及时关注案件的进展情况，了解检察机关的审查意见和法院的判决结果，以便及时采取应对措施。
最后，需要强调的是，每个案件的具体情况都是独特的，因此无法仅根据退款和取得谅解书这两个因素来预测是否会被起诉。如果您或您身边的人遇到类似情况，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。