结论前置：针对员工恶意加班而公司不承认且不愿支付加班费的情况，员工可以通过收集证据、与公司协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。同时，公司也应加强内部管理，明确加班制度，以避免类似纠纷的发生。以下是对此问题的详细分析：
一、员工恶意加班的认定与证据收集
恶意加班的认定：
- 恶意加班通常指的是员工在非必要情况下，故意延长工作时间，以获取加班费或其他不当利益的行为。这种行为可能违反公司的规章制度，也可能损害公司的利益。
证据收集：
- 员工若主张公司未支付加班费，需首先证明自己确实存在加班行为。这可以通过收集加班记录、工作邮件、工作聊天记录、考勤记录等证据来证明。
- 若公司主张员工恶意加班，则需提供证据证明员工的加班行为并非出于工作需要，而是出于其他不当目的。这可能包括监控录像、工作成果评估、同事证言等。
二、公司不承认加班且不愿支付加班费的法律后果
违反劳动法规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工在正常工作时间外加班的，公司应支付相应的加班费。若公司不承认加班且不愿支付加班费，则可能构成违法行为。
员工权益受损：
- 员工因加班而未获得相应报酬，其合法权益受到损害。员工有权要求公司支付加班费，并可能因此向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
三、员工应对策略
与公司协商：
- 员工可以首先尝试与公司进行协商，提供加班证据，要求公司支付加班费。在协商过程中，保持冷静和理性，明确表达自己的诉求和理由。
申请劳动仲裁：
- 若协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请仲裁时，需提交仲裁申请书、相关证据材料等。劳动仲裁委员会将依法进行裁决，要求公司支付加班费。
提起诉讼：
- 若对劳动仲裁结果不满，员工还可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，需提供充分的证据证明自己的加班行为及公司未支付加班费的事实。法院将依法进行审理并作出判决。
四、公司应对策略
加强内部管理：
- 公司应建立健全的加班制度，明确加班的审批流程、加班费的计算标准等。同时，加强对员工加班行为的监督和管理，防止恶意加班行为的发生。
与员工沟通：
- 若公司发现员工存在恶意加班行为，应及时与员工进行沟通，了解其原因和目的。在沟通过程中，保持客观和公正，明确公司的立场和态度。
依法处理：
- 若员工恶意加班行为严重违反公司规章制度或法律法规，公司有权依法进行处理，包括警告、罚款、解除劳动合同等。但在处理过程中，需确保程序合法、证据充分。
最后建议：作为员工，应遵守公司的规章制度和法律法规，合理合法地维护自己的权益；作为公司，应加强内部管理，明确加班制度，以避免类似纠纷的发生。若遇到相关问题，可直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。