公司制度规定出差不算加班，这一规定是否合法需分情况讨论，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
一、出差加班的认定
出差加班是否构成加班，关键在于员工在出差期间所从事的工作是否超出了正常的工作时间和工作范畴。具体来说：
正常工作时间外的工作：如果员工在出差期间，于正常工作时间之外，按照公司的要求或为了完成工作任务，额外从事了与工作相关的活动，如晚上在酒店处理文件、与客户沟通、参加临时会议等，这些均属于加班的范畴。
正常工作时间内的工作：若出差期间的工作时间与员工的正常工作时间一致，且未进行额外工作，如仅参加会议、业务洽谈等常规活动，则不构成加班。
二、加班费的支付标准
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位安排劳动者延长工作时间、在休息日或法定休假日工作的，应当分别按照不低于工资的150%、200%和300%的标准支付加班费。这一规定同样适用于出差期间的加班情况。
三、公司制度与法律规定的冲突
公司制度违法的情况：如果公司制度规定出差不算加班，且实际上员工在出差期间存在加班行为，那么公司制度就违反了《劳动法》的相关规定。在这种情况下，员工有权要求公司支付加班费，并可以通过法律途径来维护自己的合法权益。
公司制度可能合法的情况：如果公司能够证明出差期间的工作安排与劳动者在本单位正常工作时的工作强度、工作时间等没有实质性区别，并且已在出差补贴等其他费用中综合考虑了可能的加班因素，那么公司制度中关于出差不算加班的规定可能具有一定合理性。但此情况需要公司提供充分的证据来证明，且该制度不得违反法律的强制性规定。
四、劳动者的权益保护
如果公司未按照法律规定支付加班费，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
协商：首先尝试与公司协商解决，要求支付应得的加班费。
投诉：若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由其介入调查并责令公司支付加班费。
仲裁与诉讼：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至在必要时向法院提起诉讼来维护自己的权益。
五、建议
员工方面：在出差前，员工应与公司明确相关的工作安排和补偿机制，包括加班费的支付标准等，以避免后续的争议。同时，员工应保留好出差期间的工作记录，如加班通知、工作邮件、会议记录等，以作为维权时的证据。
公司方面：公司应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到保障。在制定公司制度时，应充分考虑员工的实际情况和合法权益，避免制定出违反法律规定的制度。
综上所述，公司制度规定出差不算加班是否合法，需根据具体情况来判断。如果员工在出差期间存在加班行为且公司未支付加班费，那么员工有权要求公司支付加班费并维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。