结论：培训协议上约定入职不满六个月扣钱是否合法，需根据具体情况判断，若该约定违反法律法规强制性规定或显失公平，则不合法；若符合法律规定且公平合理，则可能合法。以下从不同角度详细分析：
一、从劳动合同法角度分析
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者订立劳动合同时，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。培训协议作为劳动合同的补充或附件，同样应当遵循这些原则。
若培训协议中的扣钱条款违反法律法规强制性规定：
- 例如，约定劳动者在入职不满六个月离职时，需支付高额违约金或赔偿金，且该金额远超过用人单位实际提供的培训费用，这样的条款可能因违反《劳动合同法》中关于违约金和赔偿金的规定而被认定为无效。
- 法律依据：《劳动合同法》第二十二条规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
若培训协议中的扣钱条款显失公平：
- 即使条款未直接违反法律法规，但如果其内容明显对劳动者不利，如扣钱金额过高、扣钱条件过于苛刻等，可能因显失公平而被劳动者请求撤销或变更。
- 法律依据：《民法典》第一百五十一条规定，一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
二、从合同自由与公平原则角度分析
合同自由原则：
- 培训协议作为双方自愿订立的合同，其内容原则上应由双方协商确定。如果劳动者在签订协议时明确知晓并同意了扣钱条款，且该条款不违反法律法规强制性规定，那么该条款在合同范围内是有效的。
公平原则：
- 合同内容应当公平合理，不得损害一方当事人的合法权益。如果培训协议中的扣钱条款导致劳动者在入职不满六个月离职时承担过重的经济负担，而用人单位却未因此遭受相应损失或损失较小，这样的条款可能因违反公平原则而被认定为无效或可撤销。
三、实际操作建议
对于劳动者：
- 在签订培训协议前，务必仔细阅读协议内容，特别是关于扣钱、违约金等条款，确保自己完全理解并同意。
- 如果对协议内容有疑问或不满，应及时与用人单位沟通协商，争取修改或删除不合理条款。
- 如果因扣钱条款与用人单位发生争议，可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁。
对于用人单位：
- 在制定培训协议时，应确保条款内容合法合规，不得违反法律法规强制性规定或显失公平。
- 可以考虑设置合理的扣钱比例或限额，以平衡用人单位和劳动者的利益。
- 在劳动者入职时，应向其明确说明培训协议的内容和可能产生的法律后果，确保劳动者在充分了解的基础上签订协议。
最后，培训协议上约定入职不满六个月扣钱是否合法，需根据具体情况判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。