结论前置：实际借款合同与在房产部门办理抵押权时签定的借款合同金额不一致，抵押权是否有效，需根据具体情况分析。若不一致是出于合理原因且不影响抵押权的设立，则抵押权仍然有效；若不一致导致抵押权设立存在瑕疵或无效，则抵押权可能无效或部分无效。

详细分析：

1. 合同金额不一致的合理原因：

   • 在实际操作中，借款合同金额与抵押合同金额不一致可能由多种合理原因造成，如借款合同签订后，双方对借款金额进行了调整，但抵押合同未及时更新；或抵押物评估价值变化导致抵押金额调整等。
   • 若这些不一致是出于双方真实意思表示，且不影响抵押权的设立和债权人的利益，那么抵押权仍然有效。

2. 抵押权设立的有效性：

   • 抵押权的设立需满足法定条件，包括抵押合同的有效成立、抵押物具有可抵押性、抵押权依法登记等。
   • 若借款合同金额与抵押合同金额的不一致导致抵押权设立存在瑕疵，如未依法登记或登记内容与实际情况不符，那么抵押权可能无效或部分无效。

3. 法律后果与建议：

   • 若抵押权因金额不一致而无效或部分无效，债权人可能面临无法就抵押物优先受偿的风险。
   • 因此，在签订借款合同和抵押合同时，双方应确保金额一致，并依法办理抵押登记手续。
   • 如已出现金额不一致的情况，双方应及时协商并采取措施进行补救，如更新抵押合同、重新办理抵押登记等。

综上所述，实际借款合同与在房产部门办理抵押权时签定的借款合同金额不一致时，抵押权的有效性需根据具体情况分析。若存在合理原因且不影响抵押权的设立，则抵押权仍然有效；否则，可能无效或部分无效。建议双方在签订合同时务必确保金额一致，并依法办理相关手续以避免潜在风险。