结论：您依据自留山证书单方申请林业局到现场指界绘测，被告方否定其效力是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、自留山证书的法律效力
自留山证书是确认您对特定山林享有使用权的重要法律文件。在正常情况下，该证书具有法律效力，能够证明您对自留山的使用权。然而，其法律效力并非绝对，可能受到其他法律事实或证据的影响。
二、单方申请指界绘测的合法性
程序合法性：
- 您单方申请林业局到现场指界绘测，这一行为本身在程序上可能并无不当，尤其是当您认为自留山边界存在争议或需要明确时。
- 但需注意，若指界绘测涉及他人权益，最好能事先与相关方协商，确保程序的公正性和透明度。
实体合法性：
- 指界绘测的结果需基于客观事实和准确测量，不能仅凭您的单方主张。
- 若被告方对指界绘测结果提出异议，并提供了相反证据（如历史边界协议、其他权属证明等），则指界绘测结果的效力可能受到质疑。
三、被告方否定效力的合法性分析
基于事实和证据的否定：
- 若被告方能够提供充分证据证明指界绘测结果与事实不符，或您对自留山的使用权存在争议（如存在其他权属证明、历史纠纷等），则被告方否定指界绘测结果的效力可能是合法的。
基于程序瑕疵的否定：
- 若指界绘测过程中存在程序瑕疵（如未通知相关方参与、测量不准确等），被告方也可能以此为由否定其效力。
四、建议与措施
核实自留山证书：
- 确保您的自留山证书真实有效，且未受到任何法律上的限制或撤销。
收集证据：
- 收集与自留山使用权相关的所有证据，包括历史边界协议、使用记录、证人证言等，以支持您的主张。
协商与调解：
- 尝试与被告方进行协商或调解，寻求双方都能接受的解决方案。
法律途径：
- 若协商无果，您可考虑通过法律途径解决争议，如提起行政诉讼或民事诉讼，要求确认自留山使用权或指界绘测结果的效力。
在处理此类争议时，务必保持冷静和理性，遵循法律程序，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。