保证单位盖了公章和法人章，但法定代表人不认可的保证合同，其效力需分情况讨论：
公章和法人章真实且加盖程序合法：
- 合同效力：在此情况下，即使法定代表人不认可，保证合同通常仍被视为有效。因为公章和法人章是公司对外表示意思表示的重要工具，加盖这些印章通常意味着公司对合同内容的认可和接受。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，除非法律另有规定或者当事人另有约定。
- 法律后果：公司需承担保证合同所规定的法律责任，包括但不限于在债务人不履行债务时，按照约定履行债务或者承担责任。
公章或法人章存在瑕疵（如伪造、盗用）或加盖程序不合法：
- 合同效力：如果公章或法人章是伪造、盗用的，或者加盖程序存在瑕疵（如未经授权擅自加盖），那么保证合同可能被视为无效。因为这种情况下，加盖印章并不能代表公司的真实意思表示。
- 法律后果：公司无需承担保证合同所规定的法律责任。但公司可能需要承担因印章管理不善而引发的其他法律责任，如因印章被盗用而给第三方造成的损失等。同时，如果法定代表人能够证明其未授权或不知情，且公司内部管理存在明显疏漏，公司也可能因此免除或减轻责任。
法定代表人不知情但公司内部管理存在疏漏：
- 合同效力：即使法定代表人不知情，但如果公司内部管理存在疏漏，导致公章或法人章被不当使用，这并不影响保证合同在公司与第三方之间的外部效力。因为第三方在签订合同时，通常无法知晓公司内部的授权和管理情况，他们有权信赖公章和法人章的真实性和有效性。
- 法律后果：公司仍需承担保证合同所规定的法律责任。但公司可以向内部相关责任人追偿，要求其承担因管理疏漏而给公司造成的损失。
法律建议：
- 对于公司而言，应加强印章管理，确保公章和法人章的安全和合法使用。同时，应建立健全的内部授权机制，明确各级管理人员的权限和责任，防止因管理疏漏而引发的法律风险。
- 对于法定代表人而言，如果发现有人未经授权擅自使用公司公章或法人章签订合同，应立即向公司报告，并采取措施防止损失扩大。同时，可以考虑向公安机关报案，追究相关责任人的法律责任。
- 对于第三方而言，在签订合同时，应仔细审查合同对方的主体资格和授权情况，确保合同的真实性和合法性。如果发现合同存在瑕疵或疑问，应及时向对方提出并要求解释或修改。
可能引发的法律争议：
- 在实践中，关于保证合同的效力问题可能引发争议。特别是当法定代表人不认可合同内容时，公司可能会主张合同无效或可撤销。而第三方则可能会主张合同有效并要求公司承担保证责任。这种情况下，双方可能需要通过诉讼或仲裁等法律途径来解决争议。
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