法院判决确实会参考股东债务协议书的有效性，但具体是否采纳及如何采纳，需视协议内容、签订背景及法律规定综合判断。以下从多个角度详细分析：
一、股东债务协议书的基本性质与法律效力
股东债务协议书，本质上是股东之间或股东与公司之间就债务承担、分配等事项达成的书面约定。根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。因此，若股东债务协议书内容合法、形式完备，且不存在欺诈、胁迫等无效情形，该协议书本身是具有法律效力的。
二、法院判决对股东债务协议书的参考原则
合法性原则：法院在审理案件时，会首先审查股东债务协议书的内容是否违反法律、行政法规的强制性规定，是否违背公序良俗。若协议书内容合法，法院通常会予以认可。
真实性原则：法院会核实股东债务协议书的真实性，包括签订时间、签订地点、签订人身份等，以确保协议书是双方真实意思的表示。若协议书存在伪造、变造等情形，法院将不予采纳。
关联性原则：法院会审查股东债务协议书与案件事实之间的关联性。若协议书内容与案件事实紧密相关，能够证明案件事实或解决争议焦点，法院将予以参考。
三、不同情境下法院对股东债务协议书的采纳情况
股东内部债务纠纷：在股东内部因债务问题产生纠纷时，若股东之间签订了债务协议书，且该协议书内容合法、真实、关联，法院通常会依据协议书内容作出判决，要求相关股东按照协议书约定承担债务责任。
股东与公司债务纠纷：在股东与公司之间因债务问题产生纠纷时，若股东债务协议书涉及公司债务的承担或分配，且该协议书得到了公司的认可或追认，法院在审理时也会予以参考。但需注意，若协议书内容损害了公司债权人的利益，法院可能不会完全采纳协议书内容，而是会根据公司法等相关法律规定进行裁决。
涉及第三方利益的债务纠纷：若股东债务协议书涉及第三方利益，如债权人、担保人等，法院在审理时会更谨慎地审查协议书内容。若协议书内容损害了第三方利益，法院可能不会采纳协议书内容，而是会依据相关法律规定保护第三方利益。
四、法律建议
签订协议前咨询专业律师：在签订股东债务协议书前，建议咨询专业律师，确保协议书内容合法、合规，避免潜在的法律风险。
保留相关证据：在签订和履行股东债务协议书过程中，建议保留相关证据，如签订记录、履行记录等，以便在发生纠纷时提供有力证据。
及时寻求法律救济：若因股东债务协议书产生纠纷，建议及时寻求法律救济，通过诉讼或仲裁等方式维护自身合法权益。
若您在股东债务协议书方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。