债务纠纷法院判决后双方达成的协议，在符合法定条件的情况下是有效的。以下是对这一问题的详细分析：

一、协议有效的法定条件

1. 双方自愿协商：协议必须是双方在判决基础上自愿协商达成的，不存在欺诈、胁迫等情形。这是协议有效的基本前提，确保双方的意思表示真实。
2. 不违反法律强制性规定：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，约定的利息不得超过法定上限，否则超过部分将不受法律保护。
3. 不损害国家、社会公共利益及他人合法权益：协议不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。这是协议合法性的重要保障。

二、协议可能无效的情形

1. 与原判决内容相冲突：若协议内容与原判决内容相冲突，可能存在被认定无效的风险。因为判决具有终局权威性，协议不得擅自改变判决内容。
2. 存在欺诈、胁迫等情形：若协议存在欺诈、胁迫等情形，导致一方意思表示不真实，该协议可能被认定无效或可撤销。
3. 违反法律强制性规定：如前所述，若协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，该协议将无效。

三、协议有效的法律后果

1. 对双方具有法律约束力：一旦协议被认定有效，对双方将具有法律约束力。双方需依约履行义务，否则将承担违约责任。
2. 可通过法律途径维权：若一方不履行协议，另一方可依据协议通过协商、调解或诉讼等方式解决争议，维护自身合法权益。

四、实际操作中的注意事项

1. 细致分析协议内容：在实践中，需对具体协议内容进行细致分析和判断，以确定其是否符合法律规定和双方真实意思表示。
2. 综合考量多方面因素：认定协议的有效性需综合考量多方面因素，如协议签订的情形、双方的行为能力等。
3. 及时寻求法律帮助：若对协议效力存在疑问或争议，建议及时寻求专业律师的法律帮助，以确保自身权益得到保障。

举例说明：假设在债务纠纷中，法院判决债务人偿还债权人一定金额的款项。判决后，双方自愿协商达成了一份还款协议，约定了还款金额、还款方式、还款期限等。只要该协议不违反法律强制性规定、不损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益，且是双方真实意思表示，那么该协议就是有效的。双方需依约履行义务，否则将承担违约责任。

综上所述，债务纠纷法院判决后双方达成的协议在符合法定条件的情况下是有效的。但需注意协议内容不得与原判决相冲突、不得存在欺诈胁迫等情形、不得违反法律强制性规定等。若对协议效力存在疑问或争议，建议及时向我咨询。