员工自离时，其工资支付问题主要依据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及《工资支付暂行规定》等相关法律法规进行处理。以下是对这一问题的详细解答：

1. 工资支付的基本原则：

   • 《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一原则适用于所有劳动者，无论其离职方式如何，只要提供了劳动，就有权获得相应的工资。

2. 自离与工资支付的关系：

   • 自离，即劳动者未按照用人单位规定的程序办理离职手续而擅自离开工作岗位的行为。尽管自离可能违反了用人单位的规章制度，但这并不构成用人单位不支付工资的理由。
   • 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条第一款进一步强调了用人单位支付工资的义务，规定用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这一义务不受劳动者离职方式的影响。

3. 劳动合同解除或终止时的工资支付：

   • 《工资支付暂行规定》第九条规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，即使员工自离，用人单位也应在解除或终止劳动合同时结清其工资。

4. 自离造成损失时的赔偿责任：

   • 如果员工自离给用人单位造成了经济损失，《中华人民共和国劳动合同法》第九十条规定，劳动者应当承担赔偿责任。但这一赔偿责任与工资支付是两个独立的法律关系，用人单位在要求赔偿时需遵循合法、合理的原则，不能随意克扣员工工资。
   • 《工资支付暂行规定》第十六条详细规定了赔偿的方式和限制，即因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

实际操作建议：

• 对于员工而言，如果自离后用人单位拒绝支付工资，可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报，或者依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
• 对于用人单位而言，在处理员工自离问题时，应确保工资支付的合法性和合理性，同时遵循相关法律法规关于赔偿责任和扣除比例的规定，以维护自身的正当利益。

综上所述，员工自离时，其工资支付问题应依据相关法律法规进行处理，确保劳动者的合法权益得到充分保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。