土地出让合同约定的开竣工违约金，在符合一定条件下，是可以在土地增值税清算时列支的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律背景与依据
在土地增值税清算过程中，扣除项目金额的确定是核心环节之一。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则，以及相关税收法规，纳税人在进行土地增值税清算时，可以扣除与转让房地产有关的税金以及财政部规定的其他扣除项目。其中，与转让房地产有关的合理支出，包括但不限于开发成本、开发费用等，通常是可以作为扣除项目的。
二、违约金列支的合理性分析
合同约定与实际发生：
- 土地出让合同中约定的开竣工违约金，是双方基于合同关系而设定的违约责任。当一方（通常是受让方）未按照合同约定的时间开工或竣工时，需要向另一方（通常是出让方）支付违约金。
- 这种违约金是实际发生的支出，且与转让房地产（即土地使用权及地上建筑物）直接相关。
税收法规的适用性：
- 根据税收法规，与转让房地产有关的合理支出是可以作为土地增值税扣除项目的。这里的“合理支出”应理解为与转让房地产直接相关、且符合税收法规规定的支出。
- 违约金作为因违约行为而产生的实际支出，且与转让房地产直接相关，因此可以视为合理支出的一部分。
税务实践与案例：
- 在税务实践中，对于土地出让合同约定的开竣工违约金是否可以在土地增值税清算时列支，通常需要根据具体情况进行判断。如果违约金支出符合税收法规规定的扣除条件，且能够提供相关证明材料（如合同、付款凭证等），则通常是可以列支的。
- 已有相关案例表明，在符合一定条件下，土地出让合同约定的违约金是可以作为土地增值税扣除项目的。
三、可能存在的限制与注意事项
违约金支出的合理性：
- 税务机关在审核土地增值税清算时，会对扣除项目金额的合理性进行审查。如果违约金支出过高或不合理，可能会被税务机关调整或不予扣除。
证明材料的完整性：
- 纳税人需要提供完整的证明材料来支持违约金支出的扣除申请。这包括土地出让合同、违约金支付凭证、相关税务发票等。如果证明材料不完整或存在瑕疵，可能会影响扣除的认定。
税收法规的变化：
- 税收法规可能会随着时间和政策的变化而调整。因此，纳税人在进行土地增值税清算时，需要关注最新的税收法规和政策动态，以确保扣除项目的合规性。
四、建议与结论
- 建议：对于土地出让合同约定的开竣工违约金是否可以在土地增值税清算时列支的问题，建议纳税人首先仔细审查合同条款和税收法规，确保违约金支出符合扣除条件。同时，准备好完整的证明材料以支持扣除申请。
- 结论：在符合一定条件下（如违约金支出合理、证明材料完整等），土地出让合同约定的开竣工违约金是可以在土地增值税清算时列支的。但具体能否列支还需根据当地税务机关的审核和判断来确定。
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