土地出让金违约金可以在清算时扣除。具体分析如下：

根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》规定，计算增值额的扣除项目中，“取得土地使用权所支付的金额”是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。而土地出让金违约金作为因未按期支付土地出让金而产生的费用，属于为取得土地使用权而支付的全部经济利益的一部分。

同时，参照相关税局答疑，延期支付土地出让金而支付的滞纳金（即违约金的一种）也是可以在土地增值税清算时作为取得土地使用权所支付的金额进行扣除的。这一处理原则同样适用于土地出让金违约金。

因此，在土地增值税清算时，土地出让金违约金可以作为取得土地使用权所支付的金额进行扣除，并可以按照相关规定加计扣除。

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