支付的土地出让金利息在清算时是可以扣除的。具体分析如下：

一、法律依据与解释

根据土地增值税清算的相关规定，取得土地使用权所支付的金额，包括为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。这其中，特别指出了“土地出让合同中约定分期缴纳土地出让金的利息，计入取得土地使用权所支付的金额，准予扣除”。这一规定直接明确了土地出让金利息在清算时的可扣除性。

二、利息扣除的具体条件

1. 合同约定：利息扣除的前提是土地出让合同中明确约定了分期缴纳土地出让金，并产生了相应的利息。这是利息能够计入取得土地使用权所支付金额，进而在清算时扣除的基础。

2. 实际支付：除了合同约定外，还需要确保利息已经实际支付。这是税收扣除的一般原则，即只有实际发生的费用才能作为扣除项目。

3. 合规性：利息的计算和支付需要符合国家的相关法律法规和税收政策。例如，利息率不得超过国家规定的上限，否则超出部分可能无法扣除。

三、实务操作中的注意事项

1. 合同审查：在进行土地出让时，应仔细审查土地出让合同，确保其中明确约定了分期缴纳土地出让金和利息的相关条款。

2. 凭证保留：在支付利息时，应妥善保留相关凭证，如利息支付单据、银行转账记录等，以备在清算时作为扣除的依据。

3. 合规咨询：由于税收政策和法规可能随时发生变化，建议在支付利息和进行清算前，咨询专业的税务机构或律师，以确保操作的合规性。

四、可能的风险与后果

如果未按照合同约定支付利息，或者利息的计算和支付不符合国家规定，那么在清算时可能无法将利息作为扣除项目。这将导致企业需要承担更高的土地增值税负担，进而影响企业的经济效益。

建议：企业在支付土地出让金利息时，应严格按照合同约定和国家规定进行操作，并妥善保留相关凭证。如有任何疑问或不确定之处，应及时咨询专业的税务机构或律师。