土地增值税清算时扣除的税费计算涉及多个方面，以下是对这一问题的详细解答：

一、土地增值税预征计征依据

1. 预售阶段：

   • 房地产开发企业采取预收款方式销售房地产项目时，需按照3%的预征率预缴增值税。
   • 土地增值税预征的计征依据为：预收款 - 应预缴增值税税款。
   • 应预缴增值税税款 = [预收款 ÷ (1 + 税率或征收率)] × 3%。

2. 现房销售阶段：

   • 现房销售时产生增值税纳税义务，土地增值税在清算前仍属于预征。
   • 适用简易计税方法的，预征土地增值税计征依据 = 价税合计 - 应纳税额；应纳税额 = [价税合计 ÷ (1 + 5%)] × 5%。
   • 适用一般计税方法的，预征土地增值税计征依据 = 价税合计 - 销项税额；销项税额 = [(价税合计 - 允许扣除的土地价款) ÷ (1 + 适用税率)] × 适用税率。

二、土地增值税清算扣除税费注意要点

1. 城市维护建设税及教育费附加的扣除：

   • 能够按清算项目准确计算的，允许据实扣除。
   • 不能按清算项目准确计算的，按清算项目预缴增值税时实际缴纳的城建税、教育费附加扣除。

2. 印花税的扣除：

   • 根据《土地增值税暂行条例实施细则》及后续相关文件，印花税在转让房地产时缴纳，对于房地产开发企业，其缴纳的印花税已列入管理费用并相应扣除。
   • 其他土地增值税纳税义务人在计算土地增值税时，允许扣除在转让时缴纳的印花税。

三、计税收入与土地成本扣除口径

• 计税收入 = 含税收入 ÷ 1.09（对于适用一般计税方法的纳税人）。
• 土地成本通常按账面土地成本总额扣除，不考虑增值税进项税额的抵扣问题（除非特别规定）。

综上所述，土地增值税清算时扣除的税费计算需根据具体阶段（预售或现房销售）、计税方法（简易或一般）以及具体扣除项目（如城市维护建设税、教育费附加、印花税等）进行合规处理。同时，计税收入与土地成本的扣除口径也需遵循相关规定。希望这一解答能对您有所帮助。