劳动仲裁一般不可以直接追缴保密协议的补偿。下面我来详细解释一下这个问题：

首先，我们要明确劳动仲裁和保密协议补偿的性质。劳动仲裁主要解决的是劳动者与用人单位之间因劳动关系产生的争议，比如工资、工时、工伤、解雇等方面的纠纷。而保密协议的补偿，通常是在员工离职后，因遵守保密协议中的相关条款（如不进行同业竞争、不泄露商业秘密等）而获得的补偿。

接下来，我们分析劳动仲裁的受理范围。劳动仲裁委员会主要受理的是与劳动关系直接相关的争议。保密协议的补偿，虽然与员工在职期间的行为有关，但其本质更偏向于一种合同约定的补偿，而非直接由劳动关系产生的争议。

再者，对于保密协议的补偿问题，如果双方存在争议，一般应该通过诉讼或协商的方式来解决。因为保密协议本身是一种合同，如果双方对合同的履行或补偿存在争议，那么就需要通过法律途径来明确各自的权利和义务。

综上所述，劳动仲裁一般不可以直接追缴保密协议的补偿。如果员工与用人单位之间就保密协议的补偿存在争议，建议双方首先进行协商；如果协商不成，可以考虑通过诉讼的方式来维护自己的合法权益。如果你在这方面有进一步的问题或需要法律帮助，请随时向我咨询。