扣留投标保证金是否违法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法扣留投标保证金的情形
投标人违约：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，投标保证金是为了确保投标人在投标过程中遵守招标文件的要求，并在中标后按照约定签订合同而设立的。
- 如果投标人在投标过程中存在违约行为，如撤回投标文件、中标后拒绝签订合同等，招标人有权根据招标文件的规定扣留投标保证金作为违约赔偿。
招标文件明确规定：
- 招标文件是招标活动的法律依据，其中通常会明确规定投标保证金的扣留条件、金额和方式。
- 如果招标文件中明确规定了在某些情况下可以扣留投标保证金，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么招标人按照招标文件的规定扣留投标保证金是合法的。
二、违法扣留投标保证金的情形
无合法依据扣留：
- 如果招标人没有合法的依据，如招标文件未规定、投标人未违约等，而擅自扣留投标保证金，这种行为是违法的。
- 投标人有权要求招标人返还被扣留的投标保证金，并可能要求招标人承担因此造成的损失。
扣留金额超过法定限额：
- 根据相关规定，投标保证金的金额通常有一定的限制，如不得超过招标项目估算价的2%等。
- 如果招标人扣留的投标保证金金额超过了法定限额，那么超出部分的行为是违法的。
未按照法定程序扣留：
- 招标人在扣留投标保证金时，应当遵循法定的程序，如通知投标人、说明扣留理由等。
- 如果招标人未按照法定程序扣留投标保证金，如未通知投标人、未说明扣留理由等，那么这种行为可能构成违法。
三、法律建议
- 对于投标人：在参与投标活动时，应仔细阅读招标文件，了解投标保证金的扣留条件、金额和方式。如果发现招标人违法扣留投标保证金，应及时向招标人提出异议，并保留相关证据以便后续维权。
- 对于招标人：在扣留投标保证金时，应确保有合法的依据，并遵循法定的程序。同时，应合理设置投标保证金的金额，避免超过法定限额。
如有任何关于合同纠纷的法律问题，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。