工厂关厂时，员工在医疗期内的赔偿问题，主要涉及到经济补偿、医疗补助费以及可能的医疗费用报销等方面。以下是对这些问题的详细解答：

一、经济补偿

根据《劳动合同法》的相关规定，工厂因经营不善或其他原因决定关闭时，应当向员工支付经济补偿。经济补偿的标准通常按照员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

特别说明：如果员工在医疗期内，且工厂关闭导致劳动合同解除，员工同样有权获得上述经济补偿。医疗期并不影响经济补偿的计算和支付。

二、医疗补助费

对于在医疗期内的员工，如果工厂关闭导致劳动合同解除，员工除了可以获得经济补偿外，还可能获得医疗补助费。医疗补助费的具体标准可能因地区和具体政策而异，但通常是根据员工的医疗期和工资水平来确定的。一些地方性法规或政策可能规定了具体的医疗补助费计算方法，如按照员工医疗期内的工资的一定比例支付，或者设定一个固定的补助标准。

建议：员工应查阅当地的相关法规或政策，了解具体的医疗补助费标准，并在与工厂协商或提起劳动争议仲裁时，要求工厂按照标准支付医疗补助费。

三、医疗费用报销

如果员工在医疗期内产生了医疗费用，且这些费用原本应由工厂承担（如通过工伤保险或医疗保险报销），那么在工厂关闭后，员工仍有权要求工厂或相关保险机构报销这些费用。如果工厂已经为员工购买了工伤保险或医疗保险，员工应按照保险合同的约定，向保险机构申请报销医疗费用。如果工厂未为员工购买相关保险，或者保险报销不足部分，员工可以要求工厂承担剩余费用。

实际操作：员工应保留好所有与医疗费用相关的票据和证明，以便在需要时提供给工厂或保险机构进行报销。

四、特殊情况处理

如果工厂关闭是因为破产清算等原因，员工的赔偿问题可能更加复杂。在这种情况下，员工应积极参与工厂的破产清算程序，了解自己的权益和可能的赔偿方案。同时，员工也可以向当地劳动行政部门或劳动争议仲裁机构寻求帮助，以维护自己的合法权益。

总结与建议：工厂关厂时，员工在医疗期内的赔偿问题涉及多个方面，包括经济补偿、医疗补助费以及医疗费用报销等。员工应了解自己的权益和当地的法规政策，积极与工厂协商或寻求法律帮助，以确保自己的合法权益得到保障。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。