结论前置：当借款利息已经超过本金时，借款人仍需偿还合法范围内的本金及利息，但对于超出法定保护上限的利息部分，有权拒绝支付。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法利息的偿还
合法利息的定义：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的利率司法保护上限为合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的4倍。若借贷双方约定的利率未超过此上限，则该利息为合法利息。
合法利息的偿还义务：
- 借款人需按照合同约定履行还款义务，包括偿还本金及合法范围内的利息。即使利息累计超过本金，借款人仍需偿还合法利息部分。
举例说明：
- 假设甲向乙借款1万元，约定年利率为12%（假设此利率未超当时法定上限），借款期限为5年。则5年的利息为6000元，虽超过本金中的部分金额（若仅从数值对比看），但甲仍需按约偿还本金1万元及利息6000元。
二、超额利息的处理
超额利息的定义：
- 若借贷双方约定的利率超过了合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍，则超出部分的利息为超额利息。
超额利息的拒绝支付权：
- 对于超出法定保护上限的利息部分，借款人可以拒绝支付。这是法律对借款人权益的保护，防止出借人通过高利贷等不正当手段获取暴利。
已支付超额利息的返还请求权：
- 若借款人已支付了部分超额利息，有权要求出借人返还。这可以通过协商、调解或法律途径实现。
举例说明：
- 假设丙向丁借款10万元，约定月利率为3%（即年利率36%），而当时一年期贷款市场报价利率的四倍为15.4%。则丙对于超出15.4%的部分利息有权拒绝支付。若丙已支付了部分超额利息，可要求丁返还。
三、特殊情形下的处理
金融机构贷款：
- 对于金融机构的贷款，其利率及相关费用受金融监管法规约束。虽然金融机构贷款利息受法律保护，但若利息及相关费用设置明显不合理，借款人亦可通过合法途径维护自身权益，拒绝支付不合理部分。
不可抗力导致的还款困难：
- 在遭遇不可抗力（如自然灾害、重大疾病）导致经济困难无法支付利息的情况下，借款人若能提供相关证明，法院可能会根据实际情况酌情减免部分或全部利息。但这种情况较为特殊，需具体案件具体分析。
四、建议与提醒
审查借款合同：
- 借款人在签订借款合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于利息的计算方式和金额，确保自身权益不受损害。
及时沟通确认：
- 如遇利率调整或市场报价利率变动，应及时与出借人或金融机构沟通确认新的利率标准，以避免不必要的纠纷。
优先偿还合法债务：
- 在履行还款义务时，应优先偿还本金及合法范围内的利息。对于超出法定标准的利息部分，有权拒绝支付并要求返还已支付部分。
寻求法律帮助：
- 若遇到复杂的借贷纠纷或出借人采取不正当手段催债的情况，借款人应及时咨询专业律师（即向我咨询），获取法律建议和帮助，通过法律途径维护自身合法权益。
综上所述，当借款利息已经超过本金时，借款人应根据法律规定判断应还金额，确保自身合法权益不受侵害的同时，也需履行好合法的还款义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。