结论：国家征收您3亩承包地，仅赔偿您3亩土地两费（土地补偿费和安置补助费）是否合法，需结合具体征收情形、补偿标准及地方性法规综合判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、从征收补偿的基本原则来看
根据《中华人民共和国土地管理法》第四十八条的规定，征收土地应当给予公平、合理的补偿，确保被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。因此，仅赔偿土地两费（土地补偿费和安置补助费），而未考虑其他补偿项目（如地上附着物和青苗的补偿、社会保障费用等），可能不符合全面补偿的原则。
二、从土地补偿费和安置补助费的标准来看
土地补偿费：根据《土地管理法》第四十八条，征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。因此，土地补偿费的具体数额需依据您所在地区的区片综合地价来确定。
安置补助费：同样根据《土地管理法》第四十八条，安置补助费按照需要安置的农业人口数计算。需要安置的农业人口数，按照被征收的土地数量除以征地前被征收单位平均每人占有土地的数量计算。每一个需要安置的农业人口的安置补助费标准，为该耕地被征收前三年平均年产值的四至六倍。但是，每公顷被征收耕地的安置补助费，最高不得超过被征收前三年平均年产值的十五倍。安置补助费的具体数额也需结合您所在地区的实际情况和征收土地的具体情况来确定。
三、从地方性法规和政策来看
不同地区可能根据当地的实际情况制定了更为具体的征收补偿办法和标准。例如，有些地区可能规定了除了土地补偿费和安置补助费外，还需支付一定的搬迁费、临时安置费等。因此，您还需查阅您所在地区的相关地方性法规和政策，以确定征收补偿的具体内容和标准。
四、从实际操作和维权建议来看
核实征收补偿方案：您有权要求征收方出示征收补偿方案，并核实其中是否包含了所有应补偿的项目和标准。
咨询专业律师：如果您对征收补偿方案有疑问或不满，建议咨询专业律师，了解您的合法权益和可能的维权途径。
申请行政复议或提起行政诉讼：如果您认为征收补偿方案侵犯了您的合法权益，您可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的权益。
综上所述，国家征收您3亩承包地，仅赔偿您3亩土地两费是否合法，需结合具体征收情形、补偿标准及地方性法规综合判断。如果您对征收补偿方案有疑问或不满，建议及时咨询专业律师并采取相应的维权措施。