和单位协商长期病假是否合法，需分情况讨论：

1. 若符合法定医疗期及单位规章制度：

   • 合法性分析：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，单位不得解除劳动合同，且应支付病假工资或疾病救济费。因此，若员工处于法定医疗期内，且按照单位规章制度履行了请假手续，与单位协商长期病假是合法的。
   • 建议：员工应确保自己处于法定医疗期内，并按照单位规章制度及时提交医疗证明、请假申请等材料，与单位进行充分沟通，确保病假得到批准。

2. 若超出法定医疗期或未履行单位规章制度：

   • 合法性分析：若员工超出法定医疗期仍需继续病假，或未按照单位规章制度履行请假手续，单位有权拒绝批准病假。此时，若员工擅自离岗，可能构成旷工，单位有权依据规章制度进行处理，包括解除劳动合同。
   • 建议：员工应提前了解单位规章制度，确保自己符合请假条件，并按照规定流程提交请假申请。若超出法定医疗期仍需继续病假，应与单位协商，看是否能以其他方式（如调岗、缩短工作时间等）继续工作，或考虑申请劳动能力鉴定，根据鉴定结果处理劳动关系。

3. 关于病假期间的工资待遇：

   • 法律规定：根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
   • 建议：员工应了解自己病假期间的工资待遇标准，确保单位按照法律规定支付。若单位未按规定支付，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

总结与提醒：

• 和单位协商长期病假是否合法，关键在于是否符合法定医疗期及单位规章制度。
• 员工应提前了解相关法律法规和单位规章制度，确保自己符合请假条件，并按照规定流程提交请假申请。
• 若遇到单位拒绝批准病假或未按规定支付病假工资等情况，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

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