结论前置：员工离职两年后，公司原则上仍有权对其在职期间的舞弊行为进行调查，但具体能否查实并采取法律行动，需结合多种因素综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、法律时效性角度
诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果公司因员工舞弊行为遭受损失，并希望在法律上寻求赔偿，那么从公司知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起，三年内可以提起诉讼。因此，离职两年后，公司仍有权就舞弊行为提起民事诉讼，但需注意时效可能即将届满或已届满（若从发现舞弊时起算已超过三年）。
刑事追诉时效：如果员工舞弊行为涉嫌犯罪，如职务侵占、贪污等，那么刑事追诉时效将根据具体罪名和情节而定。根据《中华人民共和国刑法》第八十七条，犯罪经过下列期限不再追诉：（一）法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；（二）法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；（三）法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；（四）法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。因此，从刑事追诉角度看，离职两年后公司仍有可能对涉嫌犯罪的舞弊行为进行报案，并由公安机关立案侦查。
二、证据收集与保存角度
证据收集：无论民事诉讼还是刑事报案，证据都是关键。公司需确保在员工在职期间及离职后，妥善保存与舞弊行为相关的所有证据，如财务记录、交易凭证、电子邮件、聊天记录、监控录像等。离职两年后，如果公司能提供充分、确凿的证据证明员工存在舞弊行为，那么法律上仍有可能支持公司的主张。
证据保存期限：公司应建立完善的档案管理制度，确保重要证据的长期保存。虽然法律没有明确规定所有证据的保存期限，但公司应根据自身情况和行业特点，设定合理的保存期限，以备不时之需。离职两年后，如果公司能提供在员工在职期间及离职后不久即已收集并保存的证据，那么这些证据将更具说服力。
三、实际操作与建议
内部调查：公司可以在员工离职后，根据内部规章制度或员工手册的规定，对涉嫌舞弊的行为进行内部调查。调查过程中，应确保程序合法、证据充分，并尊重员工的合法权益。如果内部调查发现员工确实存在舞弊行为，公司可以根据调查结果采取相应的纪律处分或法律行动。
法律咨询：在采取任何法律行动之前，公司应咨询专业律师的意见，确保自身行为的合法性和有效性。律师可以根据公司的具体情况和证据情况，提供针对性的法律建议和策略。如果你作为公司方，面临此类问题，可以直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律指导。
和解与调解：在某些情况下，公司可能与员工通过和解或调解的方式解决舞弊纠纷。这不仅可以节省时间和成本，还可以避免不必要的法律冲突和负面影响。如果双方愿意和解或调解，可以寻求第三方机构或律师的协助，以达成公平合理的解决方案。