百分百预付款违约金的计算需结合合同约定、实际损失及法律规定综合判断，具体分以下情况说明：

1. 合同有明确约定时
   若合同中明确约定了“预付款100%作为违约金”（例如：买方支付10万元预付款，合同约定“若买方违约，预付款10万元不予退还”），则违约方需按约定承担违约金。但需注意：

   • 司法调整权：根据《民法典》第585条，若违约金“过分高于实际损失”（通常指超过损失的30%），违约方可请求法院或仲裁机构减少违约金。例如：卖方实际损失仅2万元，但合同约定违约金10万元，法院可能将违约金调整为2.6万元（2万×130%）。
     
   • 举证责任：主张调整的一方需证明实际损失金额（如货物差价、仓储费、转售损失等），否则法院可能按合同约定支持违约金。

2. 合同未明确约定时
   若合同仅约定“预付款”但未明确其性质（如未说明是“定金”或“违约金”），则需根据法律定性：

   • 预付款≠定金：根据《民法典》第586条，定金需明确约定“定金”字样且不超过主合同标的额的20%，否则不适用“定金罚则”（即支付方违约无权要求返还，收受方违约需双倍返还）。若预付款未约定为定金，则仅作为“提前支付的款项”，违约时需返还剩余部分并赔偿实际损失。
     
   • 实际损失赔偿：违约方需赔偿守约方因违约导致的直接损失（如重新采购的差价、运输费等）和合理间接损失（如利润损失，但需证明因果关系）。例如：买方违约导致卖方需以更高价格转售货物，差价部分可主张赔偿。

3. 特殊情形：预付款与定金混同
   若合同中同时出现“预付款”和“定金”条款（如“买方支付10万元，其中5万元为定金，5万元为预付款”），则需分别处理：

   • 定金部分（5万元）适用定金罚则；
     
   • 预付款部分（5万元）按上述“合同未明确约定”规则处理（即返还剩余部分并赔偿损失）。

建议：

• 签订合同时，明确约定预付款的性质（是“违约金”“定金”还是“单纯预付款”）及具体计算方式（如“违约金=预付款金额×200%”），避免歧义；
  
• 违约发生后，及时固定证据（如合同、付款记录、损失凭证等），以便主张权利或应对对方主张；
  
• 若对违约金金额有争议，可委托律师介入，通过协商、诉讼或仲裁解决。
  

如有具体合同条款或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。