结论：网上购买新手机激活后退货被扣百分之三十的费用是否合法，需根据具体情况判断，主要依据是商家是否在销售时明确告知了退货政策以及该政策是否符合相关法律法规的规定。

分析说明：

1. 商家明确告知退货政策且合法：

   • 如果商家在销售页面、购买协议或用户确认的条款中明确告知了消费者，新手机激活后退货将扣除一定比例的费用（如百分之三十），并且这一政策不违反《中华人民共和国消费者权益保护法》等相关法律法规的强制性规定，那么商家扣除该费用可能是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定，经营者与消费者进行交易，应当遵循自愿、平等、公平、诚实信用的原则。如果商家在销售时已经明确告知了退货政策，并且消费者在购买时也同意了这一政策，那么双方就形成了合同关系，商家有权按照约定扣除相应费用。但需要注意的是，该政策不得含有不公平、不合理的条款，如免除其损害消费者合法权益应承担的民事责任等。

2. 商家未明确告知退货政策或政策不合法：

   • 如果商家未在销售时明确告知消费者退货政策，或者在政策中设置了不公平、不合理的条款（如扣除过高比例的费用），那么商家扣除百分之三十的费用可能是不合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国消费者权益保护法》第二十六条的规定，经营者在经营活动中使用格式条款的，应当以显著方式提请消费者注意商品或者服务的数量和质量、价款或者费用、履行期限和方式、安全注意事项和风险警示、售后服务、民事责任等与消费者有重大利害关系的内容，并按照消费者的要求予以说明。经营者不得以格式条款、通知、声明、店堂告示等方式，作出排除或者限制消费者权利、减轻或者免除经营者责任、加重消费者责任等对消费者不公平、不合理的规定，不得利用格式条款并借助技术手段强制交易。如果商家未履行告知义务或设置了不公平、不合理的条款，那么这些条款可能被视为无效，商家不得据此扣除费用。

行动建议：

• 消费者角度：在购买新手机前，务必仔细阅读商家的退货政策，了解激活后退货是否会产生额外费用以及费用的具体比例。如果商家未明确告知或政策存在不公平、不合理的条款，消费者有权要求商家进行说明或拒绝购买。如果已经购买并发现商家扣除了不合理的费用，消费者可以与商家协商解决，协商不成的可以向消费者协会或市场监管部门投诉，甚至通过法律途径维护自己的合法权益。
• 商家角度：商家在制定退货政策时，应确保政策内容合法、公平、合理，并明确告知消费者。同时，商家应尊重消费者的知情权和选择权，不得设置不公平、不合理的条款来限制消费者的权利或加重消费者的责任。

可能后果：

• 如果商家扣除的费用合法且合理，那么消费者可能需要承担这部分费用。
• 如果商家扣除的费用不合法或不合理，那么商家可能需要退还这部分费用给消费者，并可能面临消费者协会或市场监管部门的处罚。