用人单位不按公司规章制度处罚是否合法，需分情况讨论：

1. 规章制度本身不合法或未公示告知

   • 结论：不合法。
   • 分析：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位制定的规章制度需经民主程序（如职工代表大会讨论）并公示或告知劳动者，否则不得作为处罚依据。若规章制度未履行上述程序，或内容违反法律强制性规定（如规定“迟到罚款500元”），则用人单位依据该制度处罚员工的行为无效。
   • 示例：某公司规章制度规定“员工未完成业绩目标扣发全部奖金”，但未通过民主程序制定且未公示，员工可主张该条款无效。

2. 规章制度合法且已公示，但处罚措施违法

   • 结论：不合法。
   • 分析：即使规章制度合法，用人单位也无权直接对员工进行罚款。罚款属于行政处罚，仅能由行政机关实施。用人单位可依据合法制度采取其他处罚措施，如警告、记过、解除劳动合同等，但不得以罚款形式扣减工资。
   • 法律依据：
     • 《中华人民共和国劳动法》第五十条：用人单位不得克扣或无故拖欠劳动者工资。
     • 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者原因造成经济损失的，用人单位可按合同约定赔偿，但每月扣除部分不得超过工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
   • 示例：员工因疏忽导致公司损失1000元，公司可按合同约定从其工资中扣除200元（假设月工资5000元，20%为1000元，但需确保扣除后工资不低于最低标准），但不得直接罚款1000元。

3. 规章制度合法且已公示，处罚措施合法但程序违规

   • 结论：可能不合法。
   • 分析：用人单位在处罚员工时需履行正当程序，如调查取证、告知员工处罚事实及依据、听取员工申辩等。若程序违规（如未告知员工处罚理由），可能构成违法处罚。
   • 示例：公司以员工“违反操作规程”为由罚款500元，但未提供监控录像等证据，且未告知员工处罚依据，员工可主张处罚无效。

法律建议：

• 对用人单位：
  1. 制定规章制度时确保内容合法、程序民主，并公示告知员工。
  2. 处罚员工时选择合法措施（如警告、解除合同），避免直接罚款。
  3. 履行正当程序，保留证据（如签收处罚通知、员工申辩记录等）。
• 对劳动者：
  1. 若认为处罚不合法，可向公司提出异议并要求说明依据。
  2. 协商无果时，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张返还非法扣除的工资或赔偿。
  3. 仲裁时需提供规章制度未公示、处罚程序违规等证据。

可能后果：

• 用人单位违法处罚的，可能面临劳动仲裁败诉、返还非法扣除工资、支付经济补偿等后果。
• 情节严重的（如多次违法处罚），可能被劳动行政部门责令改正、罚款，甚至承担刑事责任（如拒不支付劳动报酬罪）。

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