若劳动合同在一个月内未签，三个月后才签，用人单位可能需承担未及时签订书面劳动合同的法律责任，但具体后果需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
- 法律责任角度
根据《劳动合同法》第十条、第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍工资。若三个月后才签订劳动合同，则用人单位需支付第二个月、第三个月的双倍工资差额（即额外支付两个月工资）。但需注意：
- 若劳动者拒绝签订或故意拖延，用人单位需提供证据（如书面通知、录音录像等）证明已尽到催告义务，否则仍可能被认定违法。
- 若劳动合同期限追溯至用工之日起，且合同内容合法，用人单位可能通过补签合同降低风险，但双倍工资差额的支付义务仍可能存在（具体以司法实践为准）。
- 合同效力角度
- 补签的劳动合同若明确将期限追溯至用工之日，且双方对权利义务无异议，合同本身有效，但不影响用人单位承担未及时签订合同的法律责任。
- 若合同期限从补签之日起算，则可能被认定为“倒签”，劳动者仍有权主张未签订合同期间的双倍工资差额。
- 实务建议角度
- 对用人单位：应自用工之日起一个月内签订书面劳动合同，若因特殊原因延迟，需保留催告劳动者签订的证据，并尽快补签合同，避免扩大损失。
- 对劳动者：若用人单位未及时签订合同，可要求支付双倍工资差额；若补签合同后发现权益受损（如工资、工时等），可依据合同条款或法律规定主张权利。
总结：三个月后补签劳动合同，用人单位大概率需支付第二、三个月的双倍工资差额，但具体责任需结合补签合同内容、双方过错等因素综合判断。建议双方均保留相关证据，必要时通过法律途径解决争议。如有进一步问题，可直接向我咨询。