工程结算定案金额确定后，仍然有可能再扣违约金，但具体能否成功主张需结合合同约定、违约事实及法律规定综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。这一规定同样适用于建设工程合同领域。因此，如果建设工程施工合同中明确约定了违约金条款，且一方存在违约行为，那么另一方在工程结算后仍然有权要求对方支付违约金。
二、常见可主张违约金的情形
结算未涉及违约金：
- 在工程结算时，双方可能仅对工程的价款、工程量等费用进行了核算，未提及违约金问题。此时，如果一方存在违约行为（如逾期完工、工程质量不符等），另一方完全可以在结算后另行主张违约金。例如，若建设单位未按合同约定时间支付工程进度款，施工单位在结算后仍可根据逾期付款违约金条款要求建设单位支付相应违约金。
结算协议未排除违约金主张：
- 若结算协议中未明确约定双方就该工程的所有债权债务（包括违约金）已经结清，且违约行为确实存在，那么守约方仍可根据原建设工程合同中关于违约金的条款要求违约方支付违约金。
存在新的违约行为：
- 即使工程已完成结算，若之后一方出现新的违约行为，守约方仍有权依据合同约定或法律规定要求违约方支付违约金。例如，若结算协议约定建设单位应在结算后一定期限内支付剩余工程款，但建设单位逾期未付，则施工单位可依据合同中关于逾期付款的违约金条款要求建设单位支付新的违约金。
三、不能主张违约金的情形
结算协议排除违约金主张：
- 若结算协议中明确约定双方就该工程的所有债权债务（包括违约金）已经结清，并互不追究违约责任，则守约方通常被视为已放弃主张违约金的权利。此后再要求违约金可能无法得到法律支持。例如，结算协议中写明“本结算协议签订后，双方就本工程的一切费用（含工程款、违约金等）均已结清”，则双方均受该约定约束。
合同未约定违约金或约定不明：
- 如果合同中未约定违约金条款，或者约定不明确，那么在一方违约时，另一方可能无法直接依据合同要求支付违约金。此时，守约方可以依据实际损失要求违约方进行赔偿，但赔偿范围可能受到一定限制。
四、主张违约金的注意事项
审查合同条款：
- 在主张违约金之前，应仔细审查建设工程施工合同中的相关条款，确保违约金条款的合法性和有效性。同时，要注意合同中是否对违约金的计算方式、支付时间等进行了明确约定。
收集证据材料：
- 为了支持违约金的主张，需要收集充分的证据材料来证明对方的违约行为以及自己因此遭受的损失。这些证据可能包括施工记录、验收报告、往来函件、损失清单等。
注意诉讼时效：
- 根据法律规定，违约金的请求权受到诉讼时效的限制。因此，在主张违约金时，应注意诉讼时效的问题，避免超过法定的诉讼时效期间而丧失胜诉权。一般来说，诉讼时效期间为三年，自知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
五、综合建议
在处理工程结算后的违约金问题时，建议首先仔细审查合同条款和结算协议的内容，以明确双方的权利和义务。如有必要，可以向我进一步咨询以获取更准确的法律意见和指导。通过综合考虑合同约定、结算协议、违约行为及实际损失等因素，可以更有效地维护自身的合法权益。