在刑事案件中，即使民事赔偿医药费的协议上注明“不再追究法律责任”，也并不意味着法律责任被完全免除，这需要分情况讨论：
刑事责任层面：
- 刑事责任是由国家司法机关依据刑法对犯罪行为人进行的惩罚，具有强制性和不可免除性（除非存在法定免责事由，如正当防卫、紧急避险等）。
- 民事赔偿协议中的“不再追究法律责任”条款，通常仅针对民事赔偿部分，即双方就医药费等民事赔偿达成和解，并不涉及刑事责任的免除。
- 因此，即使签署了此类协议，如果犯罪行为人的行为构成犯罪，司法机关仍可依法追究其刑事责任。
民事责任层面：
- 在民事赔偿协议中，双方可以就赔偿范围、金额、方式等达成一致，并约定“不再追究法律责任”。这种约定在民事法律关系中是有效的，即一旦协议履行完毕，受害方通常不能再就同一事实向对方主张民事赔偿。
- 但需要注意的是，如果协议存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，受害方仍有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销协议，并重新主张民事赔偿。
特殊情况：
- 在某些情况下，犯罪行为人可能通过积极赔偿受害方损失、取得谅解等方式，获得从轻或减轻处罚的机会。但这并不意味着刑事责任被免除，而是司法机关在量刑时考虑了犯罪行为人的悔罪表现和赔偿情况。
- 此外，如果犯罪行为人与受害方达成和解，并签署了和解协议，该协议可能作为司法机关量刑时的参考依据，但同样不直接免除刑事责任。
法律建议：
- 对于受害方而言，在签署民事赔偿协议时，应明确协议范围，确保协议内容不涉及刑事责任的免除（除非确实存在法定免责事由）。同时，应保留好相关证据，以备不时之需。
- 对于犯罪行为人而言，应认识到民事赔偿协议并不能完全免除其法律责任，尤其是刑事责任。在签署协议前，应咨询专业律师，了解协议的法律后果和可能的风险。
- 如果双方对协议内容存在争议或疑问，应及时向司法机关或专业律师咨询，以确保自身权益得到保障。
可能后果：
- 如果犯罪行为人认为签署民事赔偿协议后即可免除所有法律责任，而继续实施犯罪行为或逃避法律制裁，将可能面临更严厉的刑事处罚。
- 如果受害方在签署协议后发现协议存在欺诈、胁迫等情形，或认为赔偿金额过低无法弥补损失，仍有权通过法律途径维护自身权益。
总之，在刑事案件中，民事赔偿协议中的“不再追究法律责任”条款并不具有免除刑事责任的效力。双方在签署协议前应充分了解协议的法律后果和可能的风险，并在必要时咨询专业律师的意见。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。