若法官未采信被告自证违法的证据，被告可采取以下措施维护自身权益：

1. 审查证据的合法性、关联性与真实性
   首先需确认提交的证据是否符合《民事诉讼法》第六十六条规定的证据形式（如书证、物证、视听资料等），且内容与案件事实存在直接关联。若证据本身存在瑕疵（如取证程序违法、证据来源不明），法官有权依据《民事证据规定》第九十条排除其证明力。此时被告应补充完善证据链，或通过申请司法鉴定、证人出庭等方式补强证据效力。

2. 通过上诉或再审程序主张权利
   若证据本身合法有效但未被采信，被告可在收到判决书后15日内向上一级法院提起上诉（《民事诉讼法》第一百七十一条），重点围绕“证据采信标准错误”或“事实认定不清”展开论述。若判决已生效，可依据《民事诉讼法》第二百零七条申请再审，需证明法官存在“应当采信证据而未采信”的法定情形（如证据足以推翻原判决、审判人员徇私舞弊等）。

3. 申请法庭调查或要求证人出庭
   根据《民事诉讼法》第七十五条，当事人可申请法院调查收集证据，尤其当证据由国家机关保存或涉及他人隐私时。若关键证据需证人佐证，可依据第七十八条申请证人出庭，通过交叉询问揭示证据真实性。若法官未依法履行调查义务，可能构成程序违法，成为上诉或再审的理由。

4. 利用质证环节反驳对方证据
   在庭审质证阶段，被告应针对原告证据的“三性”（合法性、关联性、真实性）提出异议。例如，若原告证据存在伪造、篡改痕迹，可申请文件检验鉴定；若证据与案件无关，可主张其不具有证明力。通过削弱对方证据体系，间接强化自身证据的采信概率。

实务建议：

• 证据提交前务必制作《证据清单》，明确每份证据的证明目的，并附法律依据；
  
• 庭审中记录法官对证据的质询要点，便于后续上诉或再审时针对性反驳；
  
• 若涉及专业技术问题（如电子数据鉴定、财务审计），提前委托专业机构出具意见书作为补强证据。
  

如需进一步分析具体案情或证据类型，可直接向我提供案件细节，我将结合《民事证据规定》及类案裁判规则提供专项法律意见。