在计算连续停工一个月以上的损失时，下雨天是否要扣除，需根据具体情况和停工原因来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、若停工与天气无关
如果停工是由于企业自身原因（如设备故障、管理问题、资金链断裂等）或非天气因素导致的，那么下雨天不应作为扣除损失的理由。因为停工的损失是由企业自身原因造成的，与天气状况无关，企业应承担全部停工期间的损失。
二、若停工与天气有关
不可抗力导致的停工：
- 如果停工是由于不可抗力（如暴雨、洪水等极端天气）导致的，且这种天气状况是异常的、不可预见的，并且已经达到了当地政府或相关部门发布的灾害预警级别，那么企业可能可以根据相关法律法规或合同条款，主张部分或全部免除停工期间的损失。但这种情况下，下雨天是否扣除损失，还需看具体合同条款或法律法规的规定，以及灾害的严重程度和影响范围。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十条，因不可抗力不能履行民事义务的，不承担民事责任。法律另有规定的，依照其规定。不可抗力是不能预见、不能避免且不能克服的客观情况。
合同中有明确约定：
- 如果劳动合同或企业规章制度中明确规定了因天气原因导致的停工损失计算方式，如扣除下雨天等不可抗力因素导致的停工时间，那么应按照合同或规章制度的规定执行。但需要注意的是，这种约定必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
无明确约定但需合理分担：
- 如果劳动合同或企业规章制度中没有明确规定，但停工确实与天气有关，且天气状况对停工产生了实质性影响，那么企业和员工可以协商合理分担停工期间的损失。例如，可以按照实际停工天数（扣除下雨天等不可抗力因素导致的停工时间）来计算损失，或者根据双方的实际贡献和承受能力来协商分担比例。
三、实际操作建议
- 查阅合同和规章制度：首先，应查阅劳动合同和企业规章制度，看是否有关于停工损失计算的相关规定。
- 收集证据：如果停工与天气有关，应收集相关证据（如气象部门发布的天气预报、灾害预警、现场照片等），以证明停工与天气的关联性。
- 协商解决：在无法确定损失计算方式时，建议企业和员工通过协商解决争议，以达成双方都能接受的解决方案。
- 寻求法律援助：如果协商无果，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自身合法权益。
总结来说，连续停工一个月以上时，下雨天是否要扣除损失，需根据停工原因、合同条款、法律法规以及实际情况来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。