结论前置：分公司注销后，一般情况下不能再作为劳动争议案件的被申请人，但具体还需根据分公司注销前的运营情况、是否独立承担民事责任以及劳动争议的具体事实来确定。若分公司注销前已独立承担民事责任且劳动争议与其直接相关，虽注销但仍可能通过一定法律程序（如追加总公司为当事人或处理遗留问题）间接涉及；若分公司注销前未独立承担民事责任或劳动争议与其无直接关联，则通常不再作为被申请人。
详细分析：
分公司注销的法律后果：
- 分公司作为总公司的分支机构，其注销意味着该分支机构在法律上的主体资格消灭，不再具有独立的法律地位。因此，从法律形式上看，注销后的分公司无法再作为劳动争议案件的被申请人。
分公司注销前的运营情况与民事责任承担：
- 若分公司在注销前已依法取得营业执照或登记证书，并独立开展经营活动，包括与员工签订劳动合同、支付工资等，那么该分公司在一定程度上具有独立的民事责任承担能力。在这种情况下，如果劳动争议发生在分公司注销前，且争议内容与分公司的经营活动直接相关，那么即使分公司注销，也可能通过追加总公司为当事人或处理遗留问题的方式，间接涉及该劳动争议。
- 若分公司在注销前未依法取得营业执照或登记证书，或者虽然取得但未独立开展经营活动，而是受总公司委托进行劳动管理行为，那么该分公司在劳动争议中通常不具有独立的主体地位。此时，如果劳动争议发生，通常会直接将总公司列为被申请人。
劳动争议的具体事实与法律程序：
- 劳动争议的具体事实，如争议的发生时间、地点、原因等，也会影响分公司注销后能否作为被申请人的问题。如果争议发生在分公司注销前，且与分公司的经营活动直接相关，那么即使分公司注销，也可能通过法律程序（如申请仲裁或提起诉讼时追加总公司为当事人）来维护劳动者的合法权益。
- 在法律程序上，如果分公司注销后，劳动者仍希望就之前的劳动争议寻求法律救济，可能需要向劳动争议仲裁委员会或人民法院提供相关证据，证明争议与分公司注销前的经营活动有关，并请求追加总公司为当事人或处理遗留问题。
法律建议：
- 对于劳动者而言，如果与分公司存在劳动争议，且分公司即将注销或已经注销，建议及时收集相关证据（如劳动合同、工资单、工作证等），并向劳动争议仲裁委员会或人民法院提起仲裁或诉讼申请，同时请求追加总公司为当事人或处理遗留问题。
- 对于总公司而言，如果分公司注销后涉及劳动争议，应积极配合劳动争议仲裁委员会或人民法院的调查和调解工作，并依法承担相应的民事责任。同时，总公司也应加强对分支机构的法律风险管理和监督，避免类似纠纷的发生。
可能法律后果：
- 如果分公司注销后，劳动者成功通过法律程序维护了自己的合法权益，那么总公司可能需要承担相应的民事责任，包括支付工资、经济补偿金等。
- 如果总公司拒绝承担民事责任或无法联系到总公司，劳动者可能会面临维权困难的情况。因此，建议劳动者在提起仲裁或诉讼申请前，充分了解总公司的经营状况和法律责任承担能力。