二倍工资差额的计算通常是不包括停工留薪期工资的，以下从几个方面为你详细分析：

法律定义与目的

二倍工资差额，主要是依据《劳动合同法》的相关规定，针对用人单位未与劳动者签订书面劳动合同而设定的一种惩罚性赔偿。其目的在于督促用人单位及时与劳动者签订书面劳动合同，以保障劳动者的合法权益。而停工留薪期工资，则是根据《工伤保险条例》的规定，针对劳动者因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗时，用人单位应支付给劳动者的工资待遇。其目的在于保障劳动者在工伤治疗期间的基本生活需要。

计算方式与范围

1. 二倍工资差额的计算：

   • 通常是从用人单位用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这里的“二倍工资”是指劳动者正常工作时间的工资，并不包括加班工资、奖金、津贴等额外收入。
   • 计算时，一般是从用工满一个月的次日起开始计算，至双方签订书面劳动合同的前一日或者用工满一年的前一日止。

2. 停工留薪期工资的计算：

   • 停工留薪期工资是根据劳动者因工伤需要暂停工作接受医疗的实际天数，按照劳动者原工资福利待遇标准支付的。这里的“原工资福利待遇标准”，通常是指劳动者在工伤前12个月的平均工资。
   • 停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。

两者是否重叠与计算

• 不重叠性：二倍工资差额与停工留薪期工资在性质、目的和计算方式上均存在明显差异，因此它们之间并不重叠。二倍工资差额是针对未签订书面劳动合同的惩罚性赔偿，而停工留薪期工资是针对工伤治疗的工资待遇。
• 计算时的排除：在计算二倍工资差额时，通常不会将停工留薪期工资纳入计算范围。因为停工留薪期工资是劳动者因工伤而享受的特殊待遇，与是否签订书面劳动合同无直接关联。

特殊情况下的考虑

虽然一般情况下二倍工资差额不包括停工留薪期工资，但在某些特殊情况下，如劳动者在停工留薪期内同时存在未签订书面劳动合同的情形，且该情形符合二倍工资差额的支付条件时，理论上劳动者可以同时主张二倍工资差额和停工留薪期工资。但这种情况较为复杂，需要具体分析劳动者的实际情况和当地的相关法律法规。

总结与建议：

二倍工资差额的计算通常是不包括停工留薪期工资的。如果你在劳动关系中遇到了相关问题，如用人单位未与你签订书面劳动合同或者你在工伤治疗期间遇到了工资待遇问题，建议你及时向我咨询，以便更好地维护自己的合法权益。